cp2k怎么批量提出动力学过程中每帧的结构

ljh123

sobereva 发表于 2024-12-17 03:05
没具体文件没法说
没用上述关键词的话，实际得到的波函数的自旋多重度理应和你设的MULTIPLICITY一致

#Generated by Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)
&GLOBAL
  PROJECT 3
  PRINT_LEVEL LOW
  RUN_TYPE ENERGY
&END GLOBAL

&FORCE_EVAL
  METHOD Quickstep
  &SUBSYS
    &CELL
    PERIODIC  XYZ
    CELL_FILE_FORMAT  CIF
    CELL_FILE_NAME  ../CIF/3.cif
    &END CELL
&TOPOLOGY
      COORDINATE CIF
      COORD_FILE ../CIF/3.cif
    &END TOPOLOGY
    &KIND O
      ELEMENT O
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q6
      POTENTIAL GTH-PBE
    &END KIND
    &KIND H
      ELEMENT H
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q1
      POTENTIAL GTH-PBE
    &END KIND
    &KIND Fe
      ELEMENT Fe
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q16
      POTENTIAL GTH-PBE
    &END KIND
    &KIND N
      ELEMENT N
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q5
      POTENTIAL GTH-PBE
    &END KIND
    &KIND C
      ELEMENT C
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q4
      POTENTIAL GTH-PBE
    &END KIND
&KIND Br
      ELEMENT Br
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q7
      POTENTIAL GTH-PBE
    &END KIND
  &END SUBSYS

  &DFT
    BASIS_SET_FILE_NAME  BASIS_MOLOPT
    POTENTIAL_FILE_NAME  POTENTIAL
#  WFN_RESTART_FILE_NAME 2-RESTART.cif
    CHARGE    0 #Net charge
    MULTIPLICITY    5 #Spin multiplicity
    UKS
    &QS
      EPS_DEFAULT 1.0E-11 #Set all EPS_xxx to values such that the energy will be correct up to this value
    &END QS
    &POISSON
      PERIODIC XYZ #Direction(s) of PBC for calculating electrostatics
      PSOLVER PERIODIC #The way to solve Poisson equation
    &END POISSON
    &XC
      &XC_FUNCTIONAL PBE
      &END XC_FUNCTIONAL
      &VDW_POTENTIAL
        POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL
        &PAIR_POTENTIAL
          PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat
          TYPE DFTD3(BJ)
          REFERENCE_FUNCTIONAL PBE
          #CALCULATE_C9_TERM T #Calculate C9-related three-body term, more accurate for large system
        &END PAIR_POTENTIAL
      &END VDW_POTENTIAL
    &END XC
    &MGRID
      CUTOFF  350
      REL_CUTOFF  50
    &END MGRID
    &SCF
      MAX_SCF 25 #Maximum number of steps of inner SCF
      EPS_SCF 5.0E-06 #Convergence threshold of density matrix of inner SCF
#     SCF_GUESS RESTART #Use wavefunction from WFN_RESTART_FILE_NAME file as initial guess
#     IGNORE_CONVERGENCE_FAILURE #Continue calculation even if SCF not converged, works for version >= 2024.1
      &OT
        PRECONDITIONER FULL_KINETIC #FULL_SINGLE_INVERSE is also worth to try. FULL_ALL is better but quite expensive for large system
        MINIMIZER DIIS #CG is worth to consider in difficult cases
        LINESEARCH 2PNT #1D line search algorithm for CG. 2PNT is default. 3PNT is more expensive but may be better. GOLD is best but very expensive
        ALGORITHM STRICT #Algorithm of OT. Can be STRICT (default) or IRAC
      &END OT
      &OUTER_SCF
        MAX_SCF 20 #Maximum number of steps of outer SCF
        EPS_SCF 5.0E-06 #Convergence threshold of outer SCF
      &END OUTER_SCF
      &PRINT
        &RESTART #Note: Use "&RESTART OFF" can prevent generating .wfn file
          BACKUP_COPIES 0 #Maximum number of backup copies of wfn file. 0 means never
        &END RESTART
      &END PRINT
    &END SCF
  &END DFT
&END FORCE_EVALnull

sob老师这是我的输入文件。结构是在自旋多重度为7的设定下的跑MD得到的。但是这个单点能计算完后，输出文件里的总自旋多重度变成了7

sobereva

ljh123 发表于 2024-12-17 13:18
#Generated by Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)
&GLOBAL
  PROJECT 3

Integrated absolute spin density对应的是下图的M_abs。仅当体系中的自旋密度都>=0，它才等于M_tot，而M_tot才与自旋多重度相对应。所以你看到两次Integrated absolute spin density明显不同时，应该看自旋密度图，4.3的那个应当自旋密度有正有负。两次得到不同Integrated absolute spin density结果说明偶然性地收敛到了不同波函数。

JCenter

sobereva 发表于 2024-10-31 16:24
利用&MD里的&REFTRAJ，直接就可以从xyz轨迹里读取各帧结构并计算能量/受力/属性，不需要特意提出来白走趟弯 ...

老师，我的轨迹输出导出的是dcd格式，再用REFTRAJ重跑轨迹时，就提示报错Invalid variable name ${} in file.是不是REFTRAJ任务不支持输入dcd格式的轨迹文件啊

Uus/pMeC6H4-/キ

JCenter 发表于 2025-5-24 03:33
老师，我的轨迹输出导出的是dcd格式，再用REFTRAJ重跑轨迹时，就提示报错Invalid variable name ${} in f ...

似乎REFTRAJ明确支持的轨迹文件只有xyz格式，如果要重跑dcd格式的轨迹可能得先自行转换为xyz（以及如果盒子尺寸改变，还有cell）。

JCenter

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-5-24 11:19
似乎REFTRAJ明确支持的轨迹文件只有xyz格式，如果要重跑dcd格式的轨迹可能得先自行转换为xyz（以及如果盒 ...

昨晚已经试了，确实是。我直接用vmd将dcd格式转换成了xyz格式后，再进行REFTRAJ任务时就能直接运行了。