为什么使用amber处理带有GNP的体系就会无法加热

梁Ho1d · 发表于 Post on 2024-10-31 19:36:31

在处理这个带有GNP体系的时候，min1和min2都可以正常进行，但是加热只要一开始就会直接结束，无法生成md0.rst文件，我的min1,min2,md0如图：
md0:

min1:

min2:

结束运行RUN时的文件：

nohup.out里的描述：

想请教请教哪里出问题了

，束手无策了

梁Ho1d · 发表于 Post on 2024-10-31 19:37:20

本帖最后由梁Ho1d 于 2024-10-31 19:49 编辑

GNP的结构：

student0618 · 发表于 Post on 2024-10-31 20:10:14

检查一下轨迹和md0.out文件

梁Ho1d · 发表于 Post on 2024-10-31 20:20:23

student0618 发表于 2024-10-31 20:10
检查一下轨迹和md0.out文件

老师您好，我的md0.out里面没有报错的东西，轨迹也生成不了，约等于没有跑加热这一步

Serious · 发表于 Post on 2024-11-1 13:11:59

本帖最后由 Serious 于 2024-11-1 13:15 编辑

1）应该先把模拟步骤流程讲清楚：是按min1、min2、md0的顺序吗？md0的起始结构是从哪里得来的呢？先检查md0起始结构有没有原子重叠等引起局部力过大的问题；
2）建议加热慢慢升温，不要一下子300K；
3）起始结构没问题、缓慢升温还报错，建议把轨迹输出步长调小，结合out文件与轨迹结构查看受力最大的地方是哪里。（如3L所言）；

八月的雨季 · 发表于 Post on 2024-11-1 14:04:39

通常我的经验这种问题都是初始结构或者拓扑就有问题

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-2 02:48:55

本帖最后由 student0618 于 2024-11-2 02:53 编辑

梁Ho1d 发表于 2024-10-31 20:20
老师您好，我的md0.out里面没有报错的东西，轨迹也生成不了，约等于没有跑加热这一步

刚刚才看到结构图，GNP加氢如何决定的？还有如4L及5L所说，拓朴是怎么建的？
电荷也要检查，我以前用脚本做high throughput screening MD rescoring时如果用Antechamber 的 sqm + AM1-BCC处理phosphate很易出问题的。

而且GNP (GMPPNP) 没记错作晶体结构的朋友很常用它做GTP analogue，跟蛋白结合时phosphate的氧是hydrogen acceptor，检查一下加氢是否正确，有没有破坏了hydrogen bonds。

XiaoYan · 发表于 Post on 2024-11-2 19:51:48

1.GTP在生理条件下是完全去质子化的，这个有文献“The protonation states of GTP and GppNHp in Ras proteins”文献专门讨论过。
2.之前我在跑md过程中也遇到类似的问题，Mg2+与两个保留H2O成配位键，但是拓扑文件或者frcmod文件里面配位H2O的参数出现问题，里面出现两个0，修改后就能正常运行。
3.注意检查初始结构，是否有重复成键，

梁Ho1d · 发表于 Post on 2024-11-7 15:02:44

student0618 发表于 2024-11-2 02:48
刚刚才看到结构图，GNP加氢如何决定的？还有如4L及5L所说，拓朴是怎么建的？
电荷也要检查，我以前用脚 ...

感谢老师的回答，现在问题已经解决了，是我加氢的时候没有考虑磷酸根的去质子化

梁Ho1d · 发表于 Post on 2024-11-7 15:03:54

XiaoYan 发表于 2024-11-2 19:51
1.GTP在生理条件下是完全去质子化的，这个有文献“The protonation states of GTP and GppNHp in Ras prote ...

感谢老师回答，确实是质子化的问题，目前已经解决了

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