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[分子对接] 请问有没有免费软件适合高通量筛选,同时又支持硼元素?

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楼主
最近一直头疼这个事情。autodock4.2手动添加参数可以完成对接,但是完全找不到基于autodock4.2的高通量筛选教程,而且参数文件嘎嘎长,感觉自己没能耐手搓。vina倒是能找到教程,但是不支持添加硼元素的参数。
我不是生物专业的,所以对流行的对接软件不太熟悉,想问一下各位老师,有没有有没有免费软件适合高通量筛选,同时又支持硼元素,哪怕像autodock4.2一样本身不支持但可以手动加参数绕过去也行。

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喵星人

2#
发表于 Post on 2024-11-5 02:13:14 | 只看该作者 Only view this author
那要看你的硼是什么样的了

如果是碳硼烷一类不参与反应,仅通过色散/双氢键结合,Autodock-GPU就可以,批量处理自己写脚本就好

如果是硼酸类的丝氨酸/苏氨酸共价配体,那是完全不同的处理方法,Autodock通过写专门的LJ势函数的可以做但ADFR会更好,只不过批量做的话不太容易

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