如何衡量分子结构的相似性，有什么定量判断标准吗？

pikachuupup

请问各位老师，有什么衡量分子结构相似性的计算指标吗，比如使用略微不同的初始结构优化到了两个十分相似的构型，如何判断这两个构型是不是同一种呢？又或者在一系列理论水平上进行了优化，如何判断优化后的这一批分子结构的相似性呢，有没有定量的判断标准呢？谢谢各位老师。

zjxitcc

《在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构》http://sobereva.com/290

pikachuupup

zjxitcc 发表于 2024-11-5 15:12
《在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构》http://sobereva.com/290

谢谢老师解答，我做了RMSD的计算，不知道这个RMSD相差多少，能说明两个结构相似度很高可以看做同一结构处理，有没有定量标准呢？我做了RMSD大约在0.20~0.32埃之间，这能说明两个结构相似度高，可以看成同一结构处理吗？

wzkchem5

pikachuupup 发表于 2024-11-5 08:20
谢谢老师解答，我做了RMSD的计算，不知道这个RMSD相差多少，能说明两个结构相似度很高可以看做同一结构处 ...

不同领域标准不同，不能一概而论。最靠谱的方法是查阅你所在领域的文献

pikachuupup

wzkchem5 发表于 2024-11-5 18:10
不同领域标准不同，不能一概而论。最靠谱的方法是查阅你所在领域的文献

明白了，谢谢老师~想请教一下老师，除了RMSD，还有其他方式能衡量分子结构相似性吗？

wzkchem5

pikachuupup 发表于 2024-11-5 11:11
明白了，谢谢老师~想请教一下老师，除了RMSD，还有其他方式能衡量分子结构相似性吗？

从严谨性上讲，RMSD基本是最严谨的了。有的时候两个分子可能只因为一个二面角的区别，导致RMSD很大，这时如果要强调这两个分子唯一区别就是这个二面角，可以统计键长、键角、二面角差别的分布。
其他方法基本是面向需要比较很多对分子，RMSD计算速度不够快的情形。例如可以用电子能、转动常数、偶极矩等等，但这些都不如RMSD严格，也就是这些判据严格一样的两个分子，结构未必一样，但RMSD为0的两个结构必然严格一样

pikachuupup

wzkchem5 发表于 2024-11-5 20:21
从严谨性上讲，RMSD基本是最严谨的了。有的时候两个分子可能只因为一个二面角的区别，导致RMSD很大，这时 ...

明白了，谢谢老师解答~