我的分子动力学体系总共跑了1500ps，但我想分析第520ps时刻的原子电荷信息

xxx127 · 发表于 Post on 2024-11-6 12:19:00

本帖最后由 xxx127 于 2024-11-6 12:20 编辑

这时候直接用gmx dump -s test.tpr > dump.txt导出的是第1500ps的信息吗？还是说每一时刻的原子电荷都是相同的

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-11-6 14:54:51

当然是相同的，你用的又不是可极化力场

xxx127 · 发表于 Post on 2024-11-6 18:54:32

喵星大佬发表于 2024-11-6 14:54
当然是相同的，你用的又不是可极化力场

您好，想请教一下具体什么是可极化力场？我使用的是GROMOS54A7联合原子力场，它属于可极化力场吗？我会进行偶极矩变化的分析，不代表分子极性变化了吗？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-11-7 02:20:53

gromos力场显然是固定电荷立场，gromacs通常也只支持固定电荷力场

分子的偶极矩发生变化是因为分子的构象变了而不是上面的原子电荷变了

可极化力场就是模拟过程中原子的参数会随周围环境改变而改变，常见的有电荷会发生变化(比如gfn-xtb)或者原子偶极会被外电场极化(比如amoeba)的

xxx127 · 发表于 Post on 2024-11-7 11:10:46

喵星大佬发表于 2024-11-7 02:20
gromos力场显然是固定电荷立场，gromacs通常也只支持固定电荷力场

分子的偶极矩发生变化是因为分子的构 ...

感谢感谢！！

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-9 08:16:06

GFN-xTB不是力场范畴。同门的GFN-FF是可极化力场

GROMACS不支持任何原子电荷可变的力场。虽然GROMACS也支持可极化力场，但那不是通过原子电荷变化体现的，而是Drude模型

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[GROMACS] 我的分子动力学体系总共跑了1500ps，但我想分析第520ps时刻的原子电荷信息