关于VMD用显示轨迹中粒子的空间密度分布的方法

VivianVivi

Sob老师您好，
    之前看过您的一篇文章，关于用VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法。我的体系中有四种物质，用gromacs作了分子动力学模拟之后，用了用等值面显示的方法显示密度分布，用其中三种物质分别对另外一种物质作等值面的密度分布时，得到的等值面总是有一个组合处于不光滑的状态，另外两个组合处于光滑的状态。我在gromacs里换了盒子模拟计算之后也是这样，就是不能达到一个平衡——三种等值面不能同时都处于光滑的状态，请问这是什么原因？有没有什么解决的办法？
    另外，我见到文献中有用我类似的体系做空间密度分布函数，在VMD中用颜色深浅显示某原子在不同位置出现的概率的方法，如下图，但是我也是第一次使用VMD，没能做出来这种空间密度分布的图，但是想做一下这种空间密度分布的图，所以有几个问题想请教一下您：（1）我的gromacs计算出来的体系中，用VMD显示的话是调用哪个轨迹文件。（2）文本控制台控制的话，具体操作顺序是怎样的？我先输入了"set file filename; source dis.tcl"，然后运行"draw material a" ，然后再输入"dis 444 4444"，这样就可以了吗，我的VMD的display里面为什么什么都没有显示呢，我尝试调用了.pdb文件，这个什么都没显示；还调用了.cube文件，只显示了打开.cube之后的状态，没有空间密度分布显示出来；我还尝试了调用.tpr和.trr文件，这个什么都没有显示。这个是为什么呢？是不是因为我调用的文件不对？
    期待老师的解答！万分感谢老师！

sobereva

1 要想得到很光滑的等值面，往往要模拟很长时间，比如几十ns，这样才能采样较充分。如果你的三种物质，其中两种分子数很多，第三种相对较少，那么让第三种的等值面达到平滑所需的模拟时间会远比前两种分子要长。

2 你用这种直接显示多帧的方式考察更省事