多肽-蛋白体系怎么使用Amber计算FEP

H.J.Zhao · 发表于 Post on 2024-11-7 11:50:13

Gramacs中有计算FEP的，Amber中请教一下怎么计算呢

k64_cc · 发表于 Post on 2024-11-7 12:48:39

去Darrin York课题组页面看，amber官网也有tutorial

H.J.Zhao · 发表于 Post on 2024-11-7 14:39:56

k64_cc 发表于 2024-11-7 12:48
去Darrin York课题组页面看，amber官网也有tutorial

好嘞谢谢

teacher7 · 发表于 Post on 2024-11-8 20:37:47

师兄

Huschein · 发表于 Post on 2024-11-8 21:18:10

Amber的FEP我不太确定，但是TI在amber中是高度成熟的，可以考虑TI

:]]]]] · 发表于 Post on 2025-9-15 11:24:14

请问怎么使用Gramacs计算FEP呐？我没有找到关于fep的gmx官方示例，您能分享一下相关介绍吗？

student0618 · 发表于 Post on 2025-9-15 17:14:00

:]]]]] 发表于 2025-9-15 11:24
请问怎么使用Gramacs计算FEP呐？我没有找到关于fep的gmx官方示例，您能分享一下相关介绍吗？

1. 这个好像最好开新帖问
2. 真正的gmx官网教程 https://tutorials.gromacs.org 有FEP哦，只是他很多余地用python把事情简单复杂化，比Justin非官方教程更难用。只能用免费资料的话可以先参考他。

:]]]]] · 发表于 Post on 2025-12-8 14:48:52

student0618 发表于 2025-9-15 17:14
1. 这个好像最好开新帖问
2. 真正的gmx官网教程 https://tutorials.gromacs.org 有FEP哦，只是他很多余 ...

谢谢，我先学习一下

enthalpy · 发表于 Post on 2025-12-8 15:16:33

用FEP/TI 计算多肽-蛋白体系结合绝对自由能比较难收敛吧，如果是相对自由(变化一两个氨基酸残基)应该还是可以的。

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[Amber] 多肽-蛋白体系怎么使用Amber计算FEP