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[综合交流] 使用Shermo、molclus和可视化软件ChimeraX产生的Boltzmann分布不同

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本帖最后由 赵香兰 于 2024-11-7 23:15 编辑

老师好,我使用Shermo和molclus对构象进行去重和玻尔兹曼分布计算,再用ChimeraX生成VCD图谱,从ChimeraX得到的玻尔兹曼分布和计算得到的差异特别大,请问这是什么原因?


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发表于 Post on 2024-11-9 07:50:03 | 只看该作者 Only view this author
我从不用ChimeraX干这个,就算是算构象权重平均的VCD谱也是用Multiwfn绘制,看下文
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://sobereva.com/383http://bbs.keinsci.com/thread-6186-1-1.html

我不知道ChimeraX怎么判断的,我只能告诉你isostat和Shermo给出权重的方式是最严格的(前提是isostat载入的xyz文件里存的是当前温度下的自由能而非电子能量),公式看下文
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165

完全没必要管ChimeraX,我也不予置评
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-9 14:35:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-9 07:50
我从不用ChimeraX干这个,就算是算构象权重平均的VCD谱也是用Multiwfn绘制,看下文
使用Multiwfn绘制构象 ...

好的,感谢老师

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