求助谷氨酸的gjf分子结构

yang2020 · 发表于 Post on 2024-11-7 23:36:35

尊敬的Sob老师，各位论坛老师，晚上好。请问在什么网站可以找到谷氨酸的gjf分子结构式？我查找到的mol文件，拖进gaussview看着跟谷氨酸结构式怎么不一样啊。

我自己手动构建后，用关键词“#p opt freq b3lyp/6-311g(d) em=gd3bj”优化后，发现如果按照图片中谷氨酸结构，-NH2上原本是两个氢原子，优化后变成了三个氢原子。是我用的泛函和基组不正确吗？请各位老师批评指正。

exity · 发表于 Post on 2024-11-8 07:33:20

你把gjf发出来啊

pal · 发表于 Post on 2024-11-8 09:01:11

mol里面的结构就是这个，只是没有补氢，然后构型方向不太一样
优化后N上变成三个氢原子，那是直接变成NH3断裂了吧，如果真变三个氢了，大概率就是初始构型不合理，靠的太近

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-11-8 10:15:41

gaussview里面自带了基本氨基酸

mfdsrax2 · 发表于 Post on 2024-11-8 10:39:13

氨基酸就是这样的啊，内盐型化合物，羧基是阴离子带负电荷，氨基是阳离子带正电荷，这样的结构才有较大的水溶性

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-9 07:57:06

搞清楚氨基酸的真空和中性水环境的质子化状态差异，前者的情况是NH2和COOH，后者的情况是NH3+和COO-

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