MD中在某一帧，蛋白的原子突然跑到其它地方去的问题

uenh1998 · 发表于 Post on 2024-11-8 10:55:12

本帖最后由 uenh1998 于 2024-11-8 11:17 编辑

如题描述的那样，基于已经模拟的轨迹，打算测量离子与蛋白的一个氧原子距离，图里用VDW形式显示。结果发现前一帧（图1）好好的，下一帧突然离子跳到其他位置（图2），下一帧又好了（图3）这是什么原因呢），是不是要重新跑轨迹。蛋白、离子体系已经去周期性并pbc -nojump。感谢大家

附上对蛋白-离子整体处理的指令：gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -center -pbc mol -ur compact -o mdnopbc.xtc -n index.ndx
gmx trjconv -s md.tpr -f mdnopbc.xtc -center -pbc nojump -ur compact -o mdnojump.xtc -n index.ndx
gmx trjconv -s md.tpr -f mdnojump.xtc -fit rot+trans -n index.ndx -o mdnew.xtc

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-8 11:08:09

看上去是因为周期性边界，vmd representation 的periodic那边开+/- x/y/z看看。

uenh1998 · 发表于 Post on 2024-11-8 11:14:42

student0618 发表于 2024-11-8 11:08
看上去是因为周期性边界，vmd representation 的periodic那边开+/- x/y/z看看。

并不是跑到下个周期去了。况且我已经对轨迹去周期性和-pbc nojump了

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-8 12:39:58

先在vmd看看image也就按几下吧，而且这可能trjconv要用-pbc cluster

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-9 06:44:38

VMD里把盒子显示出来，一目了然
如果看到就是跨盒子导致的，说明nojump没弄对

uenh1998 · 发表于 Post on 2024-11-12 11:25:00

sobereva 发表于 2024-11-9 06:44
VMD里把盒子显示出来，一目了然
如果看到就是跨盒子导致的，说明nojump没弄对

嗯我试一试，感谢社长

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[GROMACS] MD中在某一帧，蛋白的原子突然跑到其它地方去的问题