跑GPU加速版的GMX时GPU的利用率很低

niumx · 发表于 Post on 2024-11-8 15:28:08

各位老师好，我最近在跑一个约53000个原子的有机小分子体系，但是我发现在跑gmx时候gpu的利用率很低，仅为13％左右，同时cpu的利用率90％-95％，gpu的利用率太低了，比之前跑模拟效率还低（之前约45％），而运行命令是没变的，不知道是哪里出现了问题？

我试图在b站搜索了一些视频，也在本站搜索了相关帖子，但不是无济于事就是看不懂描述，作为一个电脑小白真的不知道哪里出现了问题，又该从哪里入手解决，恳求各位大佬出手相助~

我电脑的配置如下：CPU/显卡:13thGenIntel(R)Core(TM)i7-13700F//NVIDIA GeForce RTX 4070Ti
运行命令如下：gmx mdrun -deffnm ** -v -c **.gro -gpu_id 0 -nb gpu -bonded gpu -pme gpu -pmefft gpu -ntmpi 1 -ntomp 8 -pin on
运行效率：114ns/day
GMX版本：gmx2020.6_GPU
.mdp文件见附件
截取的.log文件中的内容
1 GPU selected for this run.
Mapping of GPU IDs to the 2 GPU tasks in the 1 rank on this node:
PP:0,PME:0
PP tasks will do (non-perturbed) short-ranged and most bonded interactions on the GPU
PP task will update and constrain coordinates on the CPU
PME tasks will do all aspects on the GPU
Using 1 MPI thread
Using 8 OpenMP threads

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-11-8 16:08:26

命令里加上 -update gpu，这一项也是GPU加速的大头。追求更快的速度用更新的gromacs版本
另外5w原子体系不算大，跑不满4070ti也是正常的

niumx · 发表于 Post on 2024-11-8 18:33:02

谢谢你的回复，可是我加了-updated gpu之后运行效率变快了（166ns/day），但是gpu的占用率却变小了（仅为6％），这又是为什么呢？

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-11-8 21:02:19

niumx 发表于 2024-11-8 18:33
谢谢你的回复，可是我加了-updated gpu之后运行效率变快了（166ns/day），但是gpu的占用率却变小了（仅为6 ...

用什么方法看的占用率。任务管理器可能是不准确的，命令行窗口用nvidia-smi看看

niumx · 发表于 Post on 2024-11-8 21:50:13

谢谢你，原来还有这个方法。请问我圈起来的数字是代表gpu的利用率吗？

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-11-9 00:20:33

本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-11-9 00:22 编辑

niumx 发表于 2024-11-8 21:50
谢谢你，原来还有这个方法。请问我圈起来的数字是代表gpu的利用率吗？

是的，现在计算的瓶颈来源于CPU，所以应当增加分配的核数

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-9 06:49:56

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的ppt：

另外，注重性能的话建议用Linux版

niumx · 发表于 Post on 2024-11-9 08:23:01

Seyilaxa 发表于 2024-11-9 00:20
是的，现在计算的瓶颈来源于CPU，所以应当增加分配的核数

好的，我明白了，非常感谢~

niumx · 发表于 Post on 2024-11-9 08:23:35

sobereva 发表于 2024-11-9 06:49
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的ppt：

谢谢sob老师回复，我明白了~

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