计算相互作用能，如何把数据集中复合物的两个单体拆分出来？

ynzhou · 发表于 Post on 2024-11-10 17:34:45

本帖最后由 ynzhou 于 2024-11-10 17:37 编辑

想计算几个别人文献中的数据集（ExL7、S66、JSCH、GMTKN55、AME418），但是文献中一般只提供了复合物的xyz文件，想请教大家有没有快捷办法把这些复合物分别拆分成两个单体？，因为有些数据集有几百上千个复合物，我估计手动拆分不太可能，也容易出错。（附件中是我随机下载的几个复合物）

cokie · 发表于 Post on 2024-11-10 17:58:24

有脚本的大佬肯定更快，我只说说我知道的也许可行的手动的方法。

如果xyz里有多个分子，最简单（但不是最轻松）的方法就是：
用vmd打开xyz文件；
键盘上按C鼠标变成十字光标；
左键依次点两个你想研究的化合物上的任意原子；
在VMD中会显示该原子所述的residue 信息（你可以看到诸如：Info) residue: 1之类的信息）；
在VMD main中右键选择你载入的xyz文件，Save coordinates...；
在Selected atoms里填写：residue 0 1 (假设你所想考察的两个分子在VMD中被命名为residue 0 和 residue 1)
save。

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-10 18:39:09

当前问题没体现出和[Gaussian/gview]有任何必然联系，发帖时不要选择[Gaussian/gview]分类。这次给你改了，以后注意

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-10 18:41:53

自己写VMD脚本，循环各个片段，用writexyz命令保存坐标就完了

下面是北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）我讲VMD脚本编写的一个例子，正好可以用于此目的

ynzhou · 发表于 Post on 2024-11-11 17:47:54

cokie 发表于 2024-11-10 17:58
有脚本的大佬肯定更快，我只说说我知道的也许可行的手动的方法。

如果xyz里有多个分子，最简单（但不是 ...

谢谢你的办法

ynzhou · 发表于 Post on 2024-11-11 17:48:59

sobereva 发表于 2024-11-10 18:39
当前问题没体现出和[Gaussian/gview]有任何必然联系，发帖时不要选择[Gaussian/gview]分类。这次给你改了， ...

好的老师，下次一定注意！

ynzhou · 发表于 Post on 2024-11-11 17:49:45

sobereva 发表于 2024-11-10 18:41
自己写VMD脚本，循环各个片段，用writexyz命令保存坐标就完了

下面是北京科音分子动力学与GROMACS培训班 ...

非常感谢老师的脚本！解决了我的难题

ynzhou · 发表于 Post on 2024-11-11 17:53:46

sobereva 发表于 2024-11-10 18:41
自己写VMD脚本，循环各个片段，用writexyz命令保存坐标就完了

下面是北京科音分子动力学与GROMACS培训班 ...

请问老师，可以用脚本批量拆分吗？还是说只能一个个拆？

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-12 11:12:14

ynzhou 发表于 2024-11-11 17:53
请问老师，可以用脚本批量拆分吗？还是说只能一个个拆？

可以

套个循环遍历所有文件就完了。北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）全面深入讲VMD tcl脚本的部分给了例子：

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 计算相互作用能，如何把数据集中复合物的两个单体拆分出来？