跑一个约64000个原子的蛋白-小分子体系GPU加不上速

bioqiang · 发表于 Post on 2024-11-11 16:34:57

各位老师好，我在跑一个约64000个原子的蛋白-小分子体系，在GPU加速的情况下模拟100ns要72h，好慢啊，不知道哪的原因。
sob老师的gromacs 2020.6
电脑配置：CPU:13thGenIntel(R)Core(TM)i7-13700H
GPU：NVIDIA GeForce RTX 3080Ti
gmx mdrun -deffnm md_0_10 -gpu_id 0 -nb gpu -bonded gpu -pme gpu -pmefft gpu -ntmpi 1 -ntomp 8 -pin on -update gpu -v

md文件见附件

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2024-11-11 17:11:04

那个版本的update有问题不生效，装一个linux系统然后安装新的gmx跑吧

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-12 12:58:11

看输出信息，弄清楚到底GPU加速了没有
另外，追求GPU加速效率应当用更新的版本
没事甭自己改fourierspacing，答疑时老看到有人改这个，莫名其妙，都不知道哪学来的

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[GROMACS] 跑一个约64000个原子的蛋白-小分子体系GPU加不上速