使用gromacs 计算扩散系数，体系相同，时间一样，结果却不同

berserker.npc · 发表于 Post on 2024-11-11 17:58:48

体系A中有ZIF，其余是锂盐及有机小分子
1.当体系A跑npt 40ns后，取平衡后较为光滑的线计算扩散系数得到-6数量级
2.当体系A跑npt 20ns后，接着用产生的npt.gro接着跑npt 20 ns (mdp内容和第一个npt 的mdp内容完全一致)，得到的扩散系数是-9数量级
请问1和2时间一样为什么扩散系数不同？取哪一个较为合适？

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-12 09:07:40

http://sobereva.com/88

Ajl · 发表于 Post on 2024-11-12 09:40:02

本帖最后由 Ajl 于 2024-11-12 09:41 编辑

看看两次的曲线（直接由轨迹生成的，没经任何平滑处理）差别大吗，如果不大的话就是正常的数据计算的误差，看卢老师这篇博文

http://sobereva.com/88

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-12 12:53:14

必须观看MSD曲线，确保用于拟合的区间选择的得当，并且对比MSD曲线弄清楚差异的来源
而且续跑应当结合cpt文件，此时续跑才精确

berserker.npc · 发表于 Post on 2024-11-12 18:42:30

sobereva 发表于 2024-11-12 12:53
必须观看MSD曲线，确保用于拟合的区间选择的得当，并且对比MSD曲线弄清楚差异的来源
而且续跑应当结合cpt ...

老师您好，之前也尝试过续跑，命令是gmx mdrun -v deffnm npt2 -cpi npt1.cpt -noappend，续跑时间为20ns
出现了第二张图里的MSD曲线图，第一张图是前20ns的MSD曲线图，
最后一张图是不间断跑50ns npt得到的MSD，
发现续跑后MSD曲线的斜率变小

EdwardLimit · 发表于 Post on 2024-11-13 20:18:57

MSD算扩散系数，分子受限的话，出来的MSD曲线差异也越大。这很正常，多算几次就好了，像我的话一般是算五十次，然后做箱线图。

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