求助：使用Multiwfn通过单位球面表示法图形化超极化率张量的显示问题

lanyangyang · 发表于 Post on 2024-11-13 17:39:16

本帖最后由 lanyangyang 于 2024-11-14 09:38 编辑

各位老师好，我在用使用Multiwfn通过单位球面表示法图形化超极化率张量时，我画出来的图为什么结构不在单位球面的中心，结构并没有由超极化率张量的箭头环绕着？以及几何结构太大，调整sphere scale也只是原子变小了，如何让结构整体尺寸变小。求各位老师指点一下。

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-14 05:34:52

没有操作细节、具体输入文件没法说

当前只能告诉你，认真看清楚下文每一步操作，以及用的都是什么文件
使用Multiwfn通过单位球面表示法图形化考察（超）极化率张量
http://sobereva.com/547（http://bbs.keinsci.com/thread-16960-1-1.html）

lanyangyang · 发表于 Post on 2024-11-14 09:36:09

sobereva 发表于 2024-11-14 05:34
没有操作细节、具体输入文件没法说

当前只能告诉你，认真看清楚下文每一步操作，以及用的都是什么文件

sob老师，具体操作完全按照你的博文来操作的，所需要的输入文件已附上，您看看这是什么原因导致的

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-14 11:20:24

lanyangyang 发表于 2024-11-14 09:36
sob老师，具体操作完全按照你的博文来操作的，所需要的输入文件已附上，您看看这是什么原因导致的

把输入的每一条命令完整贴出来

lanyangyang · 发表于 Post on 2024-11-14 16:12:10

sobereva 发表于 2024-11-14 11:20
把输入的每一条命令完整贴出来

1.  先在Multiwfn里导入polar.out文件，输入24  //（超）极化率分析
2.  输入1  //解析Gaussian的polar任务的输出（我要解析静态beta，所以省略了博文里输入-1那步）；然后输入-4  //要求程序解析后把（超）极化率导出成当前目录下的.txt文件
3.  输入1 //开始解析。文件夹生成了alpha和beta文件
4.  重启Multiwfn，载入polar任务的out文件，输入24，输入5
5.  输入2，目录下生成了beta.tcl和beta_vec.tcl文件
6.  输入0  //退出当前功能继续输入0  //返回到主菜单
7.  输入100，输入2
8.  输入1，导出pdb文件
9.  将beta.tcl和beta_vec.tcl文件拷到VMD目录下，启动VMD，然后在文本窗口输入source beta.tcl命令，再输入source beta_vec.tcl。最后，将pdb拖到VMD的VMD Main窗口里载入，然后选Graphics - Representation，把Drawing method设为CPK

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-15 11:42:16

lanyangyang 发表于 2024-11-14 16:12
1. 先在Multiwfn里导入polar.out文件，输入24 //（超）极化率分析
2. 输入1 //解析Gaus ...

通过界面里的-1 Set sphere radius选项，可以把球型尺寸改大

你用了nosymm，而且gjf里体系中心又不在原点，所以才会偏离。gview里显示笛卡尔坐标轴便知
可以用下文的功能让pdb里的体系居中，导出新的pdb，然后再放到VMD里显示
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

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