如何得到PDB的电偶极矩方向矢量

1154975925 · 发表于 Post on 2024-11-14 19:13:50

这是我在论文中看到的蛋白质的电偶极矩(dipole),XYZ代表电偶极矩的方向矢量，有什么方法能得到这些方向矢量的向量表达式吗

1154975925 · 发表于 Post on 2024-11-14 19:27:35

本帖最后由 1154975925 于 2024-11-15 20:48 编辑

这个图

1154975925 · 发表于 Post on 2024-11-15 11:28:29

Electric fields were applied along the direction ofthe dipole (transverse axis) 这个dipole的方向咋得到的一直没怎么搞懂，用set dipole [measure dipole $pro -debye]这个代码只能得到大小具体方向没有

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-15 12:33:33

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
零零碎碎发三个帖子严重妨碍别人阅读理解

在载入了原子电荷信息的前提下，运行measure dipole [atomselect top protein]，VMD直接返回给你蛋白质部分的偶极矩矢量，三个分量都有，明显不是只给你总大小

1154975925 · 发表于 Post on 2024-11-15 14:44:30

本帖最后由 1154975925 于 2024-11-15 20:48 编辑

sobereva 发表于 2024-11-15 12:33
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必 ...

我表述错了，我是想得到偶极矩的方向矢量，应该是要得到蛋白质的正负电荷中心，然后将中心坐标相减得到偶极矩的方向，应该是这样操作，我觉得，筛一下正负电荷分别是哪些原子，坐标×电荷平均得到正负电荷中心，两个坐标相减×电荷量就是偶极矩了。

sobereva · 发表于 Post on 7 day ago

1154975925 发表于 2024-11-15 14:44
我表述错了，我是想得到偶极矩的方向矢量，应该是要得到蛋白质的正负电荷中心，然后将中心坐标相减得到偶 ...

我说的做法给出的正是一般意义的“偶极矩的方向矢量”。没有你说的那么麻烦

1154975925 · 发表于 Post on 7 day ago

sobereva 发表于 2024-11-16 00:27
我说的做法给出的正是一般意义的“偶极矩的方向矢量”。没有你说的那么麻烦

奥对了 VMD可以导出 X Y Z方向的偶极矩这就是矢量的坐标了

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[GROMACS] 如何得到PDB的电偶极矩方向矢量