求助：CF3I体系跑AIMD中不收敛、得出的轨迹文件在VMD不断键、没有盒子信息

MRchu · 发表于 Post on 2024-11-15 10:24:03

本帖最后由 MRchu 于 2024-11-16 09:08 编辑

初学者请教各位老师，利用MS输出的pdb文件生成cp2k所需的inp输入文件,跑CF3I体系（CF3I、CF3I/CO2、CF3I/N2）时，采用PBE加DZVP-MOLOPT-SR-GTH基组跑AIMD，采用6000K、色散矫正、加了0.0001的电场，跑到后半程时AIMD不收敛，前半程甚至3-5步即可达到收敛，而MD跑到4700步左右时几乎不再收敛，请问这是什么原因呢？
并且为验证是否是动力学运动过于激烈导致不收敛，在中途我将xyz轨迹文件拖入VMD中观察，发现VMD显示bondtypes为0、未设置盒子参数、且5000帧内未断键，且各分子彼此远离似乎表现为互斥，但inp文件中有我设置的盒子信息(20，20，20)，请问各位老师不断键、重新成键、没有盒子信息的问题是什么原因，该如何修改？问题较多，烦请各位老师答疑解惑。inp文件、out文件、xyz轨迹文件如下所示

MRchu · 发表于 Post on 2024-11-15 10:25:45

补充一下VMD的error信息

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-15 11:58:07

MRchu 发表于 2024-11-15 10:25
补充一下VMD的error信息

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

帖子标题里zhon莫名其妙，重新编辑标题

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-15 12:00:24

轨迹文件都没上传，没法准确判断情况
结构越离谱，SCF收敛普遍越困难
xyz里没有记录盒子信息，必须在VMD里通过命令定义盒子。把inp文件载入Multiwfn，屏幕上直接给你了VMD里定义盒子所需的命令

MRchu · 发表于 Post on 2024-11-15 17:04:15

sobereva 发表于 2024-11-15 11:58
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

好的社长，编辑几次没注意到这个小细节，下次一定注意。

MRchu · 发表于 Post on 2024-11-15 17:08:03

sobereva 发表于 2024-11-15 12:00
轨迹文件都没上传，没法准确判断情况
结构越离谱，SCF收敛普遍越困难
xyz里没有记录盒子信息，必须在VMD ...

非常感谢社长的解答，由于每日上传的文件大小有限，明日补发xyz轨迹文件，烦请sob老师过目！

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