计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 53|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Multiwfn使用咨询] 超算平台上使用Multiwfn_noGUI计算自旋布居报错

[复制链接 Copy URL]

57

帖子

0

威望

339

eV
积分
396

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
out.txt (5.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
test.sh (297 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)
我计划用CP2K跑AIMD产生molden文件,然后用Multiwfn使用Becke方法计算自旋布居。采用的是学校超算平台上的Multiwfn_noGUI,但是一提交任务就报错,提交脚本和输出文件已上传。请问这是什么问题呢

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-11-15 12:54:05 | 只看该作者 Only view this author
如果是周期性体系,不支持Becke方法做布居分析。通常用Mulliken方法就行,最便宜

Multiwfn输出信息里都明确给出了警告,仔细看此文搞清楚怎么准备molden文件。手动运行成功了再说用脚本的事
详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件
http://sobereva.com/651http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

57

帖子

0

威望

339

eV
积分
396

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-15 13:17:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-15 12:54
如果是周期性体系,不支持Becke方法做布居分析。通常用Mulliken方法就行,最便宜

Multiwfn输出信息里都 ...

sob老师,手动是可以计算的,但是因为手动调用不了几个核,导致算不动。CP2K用DZVP-MOLOPT-SR-GTH基组,应该是包含赝势的吧,Mulliken方法我记得是不能用在含赝势的基组吧

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2024-11-15 13:26:15 | 只看该作者 Only view this author
ljh123 发表于 2024-11-15 13:17
sob老师,手动是可以计算的,但是因为手动调用不了几个核,导致算不动。CP2K用DZVP-MOLOPT-SR-GTH基组, ...

同一个文件,你手动计算照样会看到警告提示,明显molden文件没改好

Mulliken方法当然可以用于赝势的情况
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

57

帖子

0

威望

339

eV
积分
396

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-15 14:57:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-15 13:26
同一个文件,你手动计算照样会看到警告提示,明显molden文件没改好

Mulliken方法当然可以用于赝势的情 ...

sob老师,我仔细看了一下后在molden文件里加入了盒子信息,目前应该正常了。但是我用Mulliken方法算出来的Total net charge有418.92476837,而我这个体系应该是-1,请问这个是正常的吗

57

帖子

0

威望

339

eV
积分
396

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-15 16:21:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-15 12:54
如果是周期性体系,不支持Becke方法做布居分析。通常用Mulliken方法就行,最便宜

Multiwfn输出信息里都 ...

sob老师请问一下,CP2K的课程里是否有对元动力学模拟的讲解呢

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 7 day ago | 只看该作者 Only view this author
ljh123 发表于 2024-11-15 16:21
sob老师请问一下,CP2K的课程里是否有对元动力学模拟的讲解呢

以后的第一性原理计算扩展班的内容
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 7 day ago | 只看该作者 Only view this author
ljh123 发表于 2024-11-15 14:57
sob老师,我仔细看了一下后在molden文件里加入了盒子信息,目前应该正常了。但是我用Mulliken方法算出来 ...

明显不正常
肯定[Nval]没恰当设置
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 00:35 , Processed in 0.169946 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list