CP2K跑AIMD得到的轨迹在vmd中分析存在问题

ljh123 · 发表于 Post on 2024-11-18 13:47:35

我用CP2K跑AIMD，得到dcd文件并在VMD中分析轨迹。使用pbc box命令后发现部分水分子在盒子外，根据其他帖子里的回答我输入pbc wrap -all后分子都在盒子内了。但是会像图中出现键的连接问题，请问这种情况如何处理呢？谢谢大家

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2024-11-18 14:35:55

载入文件、定义盒子之后的那个指令写成pbc wrap -all -compound fragment可以保持分子片段完整，这里fragment可以利用指令mol bondsrecalc top ; mol reanalyze top对top体系当前帧按半径和键长分析得到，至于什么算做一个fragment可以用DynamicBonds显示来观察（水溶液中有时候成氢键的两个或更多水分子可能满足判据会被算做一个fragment），参考社长博文http://sobereva.com/534。

ljh123 · 发表于 Post on 2024-11-18 15:03:39

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-11-18 14:35
载入文件、定义盒子之后的那个指令写成pbc wrap -all -compound fragment可以保持分子片段完整，这里fragme ...

谢谢，修改后确实能正常显示了

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