计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 654|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[VMD] 如何让 VMD 批量读入 .xyz 文件并计算 SASA?

[复制链接 Copy URL]

35

帖子

0

威望

569

eV
积分
604

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
如题,请问各位老师,我想计算在 LAMMPS 中模拟获得的结构的 SASA 值,准备使用 VMD 的内置命令。目前想的是计算出 dump 文件中的每个时刻的 SASA 值,已通过 Ovito 输出了各个时刻的 .xyz 文件,想问一下各位老师,VMD 可以批量读入这些文件并分别计算 SASA 值么,还是只能一个个手动导入并计算?感谢大家!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-11-19 11:35:14 | 只看该作者 Only view this author
自己写VMD tcl脚本,没有干不了的事

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
Tifo + 5 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

35

帖子

0

威望

569

eV
积分
604

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-19 20:21:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-19 11:35
自己写VMD tcl脚本,没有干不了的事

好吧

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2024-11-20 04:26:50 | 只看该作者 Only view this author

好好看下文,避免引起他人不悦!
向“好吧”作为句子开头宣战!
http://bbs.keinsci.com/thread-334-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

35

帖子

0

威望

569

eV
积分
604

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-7 12:49:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-20 04:26
好好看下文,避免引起他人不悦!
向“好吧”作为句子开头宣战!
http://bbs.keinsci.com/thread-334-1- ...

明白了,感谢sob老师的提醒,以后一定注意

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 23:52 , Processed in 0.209889 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list