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[Lammps] 原子电荷为0、高温600K和超分子约束fix restrain bond下的Bond atoms missing问题

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实验组内的DFT计算、MD模拟爱好者

请加下大家:
我使用模拟聚合构建构建交联聚合物。横向对比中,超分子复合物被视为单体结构。聚合过程中,其中需要跑基于lammps程序的MD(NVT),使用的gaff力场,原子电荷未添加(准备在交联聚合物形成后,再补resp2(0.5)电荷,进行弛豫)。MD过程中,温度为600k,为了防止无静电作用的超分子复合物跑开,我对每个超分子,通过fix restrain bond,对两者间能形成氢键的1个原子对施加约束。体系中,我对500个原子对设置了同样的约束。在MD过程中,出现报错:Bond atoms 29293 29314 missing on proc.........我猜测的原因大概率是:高温下,原子的速度快,动能大;而约束位置处的力常数又比较大,导致体系不稳定。因此,我尝试了以下:
1.去掉所有约束,----正常结束任务
2.将时间步长从1fs降至0.5fs,约束存在------同样类型的报错
3.时间步长不变(0.5fs),约束的力常数从400降至100 kcal/mol----同样类型的报错
4.我先从300K跑5000步升温至600K,然后在600K下跑,给原子开始时增加300K下的随机速度,约束存在---同样类型的报错
我能想到的策略都用过了,无法解决该问题,向论坛中的大神们请教有啥可以解决的策略
目前专攻:
基于DFT、MD模拟的自由能计算
基于过渡态理论的自由能垒和反应速率常数计算
基于MD模拟的交联聚合物计算

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喵星人

2#
发表于 Post on 1 hour ago | 只看该作者 Only view this author
先不用mpi并行跑

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