GOMACS-VMD绘制空间分布函数SDF求助

呀芽芽

各位老师好，我的体系是表面活性剂在油水界面上(见下图)，md模拟了20ns。我想计算表面活性剂头基S原子附近水分子的SDF。
我试了两种方案，一种是以所有表面活性剂分子的头基S为中心分子建一个group，以体系中所有水建一个group，用这两个group计算SDF；另一种是以所有表面活性剂分子为中心分子建一个group，以体系中所有水建一个group，用这两个group计算SDF。最后得到的结果都很奇怪，不是我想要的图形。
我用的指令：1.gmx trjconv -s md0.tpr -f md0.xtc -n sdf.ndx -o md0_cnt.xtc -center -ur compact -pbc mol(Select group for centering时选择中心分子组, Select group for output时选择System组)
            2. gmx_mpi trjconv -s md0.tpr -f md0_cnt.xtc -n sdf.ndx -o md0_cnt_fit.xtc -fit rot+trans(Select group for least squares fit时选择中心分子组, Select group for output时选择System组)
            3. gmx spatial -s md0.tpr -f md0_cnt_fit.xtc -n sdf.ndx -nab 500 -b 15000 -e 20000(Select group to generate SDF时选择要统计SDF的组, Select group to output coords (e.g. solute)时选择中心分子组)
然后使用VMD载入grid.cube文件，选择Graphics下的representations，在弹出的对话框中，Drawing method选cpk。新建一个Representation，选新建的Representation后，Drawing method选isosurface。在isovalue中输入一个正的值0.02。在Coloring method中选择ColorID，为这个面指定颜色。
我不知道是不是因为我的体系有两个界面，所以不能直接选择所有表活，是不是只能选择一边界面上的表活？

sobereva

只能对一个（而非全部或一侧的）表面活性剂分子消除平动转动，计算水在它附近的sdf才能得到你贴的文献里的图

呀芽芽

sobereva 发表于 2025-1-7 02:11
只能对一个（而非全部或一侧的）表面活性剂分子消除平动转动，计算水在它附近的sdf才能得到你贴的文献里的 ...

老师，我按您说的进行了Sdf提取。但是按照教程的lsovalue设定为0.02的话，得到的图就是一个大圆球。然后把lsovalue设置成18得到的图勉强和文献差不多，但是周围有很多零散的水分子，而且感觉不完整。老师，我把后来得到的图放在这个贴子里，您看一下哪里出问题了。

sobereva

呀芽芽 发表于 2025-1-7 17:13
老师，我按您说的进行了Sdf提取。但是按照教程的lsovalue设定为0.02的话，得到的图就是一个大圆球。然后 ...

采样帧数不够
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里专门说了这个问题：

Uus/pMeC6H4-/キ

其实这帖的问题和http://bbs.keinsci.com/thread-38000-1-1.html基本一致，如果提问前搜索一下的话也免得重复发帖了……另外标题GROMACS漏了R

xliu97

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-1-10 10:39
其实这帖的问题和http://bbs.keinsci.com/thread-38000-1-1.html基本一致，如果提问前搜索一下的话也免得重 ...

您好，请问vmd导入cube数据进行drawing method设置的时候，RANGE的数据是负值是什么原因？