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[GROMACS] 模拟自组装构建盒子选择packmol还是GROMACS

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请问大家使用全原子模拟前药(原子总数在500-1000之间)在水中自组装的动力学行为,构建盒子是使用packmol随机添加多少数量的前药和水分子,还是使用GROMACS添加前药再填充水分子,要模拟它形成凝胶的过程,数量上要怎么选择,,谢谢大家!

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发表于 Post on yesterday 11:09 | 只看该作者 Only view this author
gmx insert-molecules随机插入盒子里,再用gmx solvate加水
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 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 14:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-26 11:09
gmx insert-molecules随机插入盒子里,再用gmx solvate加水
数目参考相关问题研究的文献

收到 谢谢sob老师

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