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楼主 Author: pxp2024
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[建模与可视化] VMD中的color scale设置问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-29 20:09:36 | 只看该作者 Only view this author
谢谢你的回复,请问offset的默认值怎么能改成0,我发现改成0后和origin中的颜色标尺差不多

202411292008334873..png (20.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

202411292008334873..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-29 20:24:42 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-11-28 22:43
不用叫老师,另外直接往帖子里写自己计算机的路径是传不上来图片的哦(虽然我能大概猜到也不用看了)

...

非常感谢,我觉得颜色标尺肯定是按照蓝白红然后颜色递减的,origin中可以直接插值,我想怎么确定VMD中颜色标尺的画了多少条颜色,我直接提出初末颜色然后根据他的颜色条数量就可以在origin中插值画,origin的插值最大值为256,另外怎么能把VMD中的color control颜色标尺的offset 设置默认0,设置到0后和origin中一个颜色标尺很接近

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发表于 Post on 2024-12-2 10:57:16 | 只看该作者 Only view this author
pxp2024 发表于 2024-11-29 20:24
非常感谢,我觉得颜色标尺肯定是按照蓝白红然后颜色递减的,origin中可以直接插值,我想怎么确定VMD中颜 ...

第二个问题,根据Log Tcl Commands to Console的结果,调offset为0的时候同时执行以下三个命令,所以要设为默认的话把这些加到vmd.rc里:
  1. color scale midpoint 0.500000
  2. color scale min 0.000000
  3. color scale max 1.000000
复制代码


第一个问题,渐变色涉及的colorid从33开始到1056结束,一共1024个。我不太清楚额外拿去拟合有什么好处,但一定要这么干的话先阅读前面说的VMD手册相关部分。
√546=23.36664289109

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-3 13:03:50 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-2 10:57
第二个问题,根据Log Tcl Commands to Console的结果,调offset为0的时候同时执行以下三个命令,所以要设 ...

谢谢,其实也没有非要拿出来画颜色标尺,只是我不太懂代码,用VMD画的颜色标尺不方便调大小

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-3 14:13:29 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-11-28 22:43
不用叫老师,另外直接往帖子里写自己计算机的路径是传不上来图片的哦(虽然我能大概猜到也不用看了)

...

您好,谢谢你的介绍,我的问题解决了,修改了下面的语句
# draw the color bar
set cur_y [ expr $start_y+$length - ($colorid - $mincolorid) * $step ]
drew the text
  set coord_y [expr $start_y+$length - $i * $step_size ]
    set cur_text [expr $min + $i * $value_step ]

让循环负着来,非常感谢

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发表于 Post on 2025-2-19 16:14:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-26 11:39
graphics - colors里拖动offset一看便知

请问VMD中能把颜色标尺表示出来吗

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发表于 Post on 2025-2-19 17:34:29 | 只看该作者 Only view this author
chunhui201 发表于 2025-2-19 16:14
请问VMD中能把颜色标尺表示出来吗

Graphics - Color - Color scale,然后自己ps最省事
或者参考下文
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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