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[GROMACS] GMXPBSAtool是否支持 Gromacs2016或5.0

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本人新手,刚接触MM/PBSA计算,请问最新版的GMXPBSAtool(应该是2.1吧)是否支持 Gromacs2016?我试了一下好像有问题,是否需要修改gmxpbsa0.sh脚本,有人做过吗?

另外GMXPBSAtool是否支持Gromacs 5.0以上版本,是否需要修改 gmxpbsa0.sh脚本?


谢谢!


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发表于 Post on 2017-2-5 22:44:25 | 只看该作者 Only view this author
建议用g_mmpbsa,明确支持最新gmx版本
http://rashmikumari.github.io/g_mmpbsa/
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-6 09:28:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-5 22:44
建议用g_mmpbsa,明确支持最新gmx版本
http://rashmikumari.github.io/g_mmpbsa/

好的,谢谢sob大神!

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发表于 Post on 2017-9-5 13:22:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-5 22:44
建议用g_mmpbsa,明确支持最新gmx版本
http://rashmikumari.github.io/g_mmpbsa/

Features v1.6
..........


Supports GROMACS 4.5.x, 4.6.x, GROMACS 5.0.x and GROMACS 5.1.x versions.

Supports APBS 1.2.x, 1.3.x and 1.4.x versions
.................

不知是否支持gromacs2016.3? 不行的话,我只能去用gmx5.1了

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发表于 Post on 2017-9-6 05:29:51 | 只看该作者 Only view this author
xpyp 发表于 2017-9-5 13:22
Features v1.6
..........

没试,鉴于5.1.4和gmx2016之间差异不算大,可以试试。也可以直接问作者
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发表于 Post on 2017-9-8 22:10:23 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
g_mmpbsa最后给出的都是binding energy,这个是否就是我们想要的binding free energy呢?

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发表于 Post on 2017-9-10 21:31:12 | 只看该作者 Only view this author
霜晨月 发表于 2017-9-8 22:10
g_mmpbsa最后给出的都是binding energy,这个是否就是我们想要的binding free energy呢?

这个算出来的是不包含熵变的结合自由能 文献里说他是”相对“结合自由能,相对于绝对结合自由能来说。
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发表于 Post on 2017-9-11 13:41:28 | 只看该作者 Only view this author
kunkun 发表于 2017-9-10 21:31
这个算出来的是不包含熵变的结合自由能 文献里说他是”相对“结合自由能,相对于绝对结合自由能来说。

谢谢,是不是MMPBSA方法算出来的都是这样,不包含熵变?
印象中,好像一些文献上用MMPBSA算,直接说是结合自由能

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发表于 Post on 2017-9-11 13:43:55 | 只看该作者 Only view this author
kunkun 发表于 2017-9-10 21:31
这个算出来的是不包含熵变的结合自由能 文献里说他是”相对“结合自由能,相对于绝对结合自由能来说。

绝对结合自由能,是否只能用TI、LIE、或AlChemical 等MD方法来算?没有简便的计算方法?

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发表于 Post on 2017-9-11 17:09:34 | 只看该作者 Only view this author
霜晨月 发表于 2017-9-11 13:41
谢谢,是不是MMPBSA方法算出来的都是这样,不包含熵变?
印象中,好像一些文献上用MMPBSA算,直接说是结 ...


MMPBSA给的就是绝对的结合自由能
虽然也可以考虑振动熵对结合自由能的影响,但是这需要对每一帧做昂贵的振动分析,而结果比不考虑时大多时候并没什么改进,所以一般不考虑振动熵的贡献。
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霜晨月 发表于 2017-9-11 13:43
绝对结合自由能,是否只能用TI、LIE、或AlChemical 等MD方法来算?没有简便的计算方法?

MMPBSA就是一种极其近似的绝对结合自由能计算方法(误差经常大于100%)

要精确计算绝对结合自由能极其复杂,不管是用alchemical还是geometrical的方法,都需要施加很多约束,然后再逐个考虑约束的贡献,详细的相关内容可以看chipot JCTC 2013, what is the best strategy那篇文章

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发表于 Post on 2017-9-11 22:39:03 | 只看该作者 Only view this author
霜晨月 发表于 2017-9-11 13:41
谢谢,是不是MMPBSA方法算出来的都是这样,不包含熵变?
印象中,好像一些文献上用MMPBSA算,直接说是结 ...

引原文: "The current implementation of the MM-PBSA method within g_mmpbsa does not include the calculation of entropic terms and therefore in principle is unable to give the absolute binding energy 8 . The tool is thus suited for calculating relative binding energies, for example to compare. The tool is thus suited for calculating relative binding energies, for example to compare different ligands binding to the same receptor protein. "

只是g_mmpbsa给的是相对结合自由能.
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发表于 Post on 2017-9-12 05:34:09 | 只看该作者 Only view this author
kunkun 发表于 2017-9-11 22:39
引原文: "The current implementation of the MM-PBSA method within g_mmpbsa does not include the cal ...


并不是g_mmpbsa给的是相对结合自由能,而是说,g_mmpbsa给出的结合自由能由于没有考虑熵效应,所以绝对值不准(比如和实验解离常数换算的自由能来对比不适合),只适合对于一系列体系横向对比。

但不适合讨论绝对值这一点只是作者的看法,我倒不是完全认同。
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发表于 Post on 2017-9-12 11:19:38 | 只看该作者 Only view this author
谢谢各位老师,学习了

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发表于 Post on 2017-9-12 12:27:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-12 05:34
并不是g_mmpbsa给的是相对结合自由能,而是说,g_mmpbsa给出的结合自由能由于没有考虑熵效应,所以绝对 ...

谢谢sob老师纠正 我之前还纳闷他这个为什么叫相对结合自由能…
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