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[GROMACS] 蛋白-蛋白复合物的动力学模拟可以按照蛋白配体复合物的步骤来跑吗?

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各位老师,请问一下蛋白-蛋白复合物的动力学模拟可以按照蛋白配体复合物的步骤来跑吗?如果不应该怎样跑呀?有什么需要注意的地方吗?(我在网上没找到教程之类的欸)

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发表于 Post on yesterday 21:55 | 只看该作者 Only view this author
蛋白-蛋白直接按一般的蛋白质体系跑就行,pdb2gmx会自动分链创建拓扑。如果两条链之间有二硫键连接,要用-merge选项把连在一起的链归进一个[moleculetype]
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发表于 Post on 3 hour ago | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “蛋白-蛋白动力学模拟” 改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
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发表于 Post on 3 hour ago | 只看该作者 Only view this author
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)的幻灯片:



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