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[NAMD] ZIF材料的NAMD力场如何生成呢?

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请教一下各位老师,我看到sob老师博文中有提到用sobtop生成MOF的力场文件,但sobtop得到结果都是gromacs格式的。
看到参考文献中有介绍到ZIF-8材料的力场参数,但其他ZIF材料的力场很少找到了。要得到ZIF材料NAMD的力场要怎么去生成呢?
只能参照文献中给出的参数自己去写文件嘛?

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发表于 Post on 2024-11-27 15:17:11 | 只看该作者 Only view this author
用parmED把sobtop产生的拓扑文件转成NAMD的,要么就用GROMACS。本来GROMACS效率就比NAMD更高、用户多一个数量级,没什么理由非得用NAMD
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-28 15:18:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-27 15:17
用parmED把sobtop产生的拓扑文件转成NAMD的,要么就用GROMACS。本来GROMACS效率就比NAMD更高、用户多一个数 ...

谢谢sob老师回答。因为我目前没有gromacs模拟基础,仅采用NAMD进行模拟。我尝试使用parmED进行力场转换,但是parmED似乎无法生成CHARMM格式力场。



请问sob老师,parmED要如何将gromacs的格式转换为CHARMM格式的呢

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发表于 Post on 2024-11-28 17:12:29 | 只看该作者 Only view this author
abing 发表于 2024-11-28 15:18
谢谢sob老师回答。因为我目前没有gromacs模拟基础,仅采用NAMD进行模拟。我尝试使用parmED进行力场转换, ...

GROMACS很容易学:北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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