高斯QM/MM对分子进行优化的时候总是出现小虚频

〇66 · 发表于 Post on yesterday 21:24

高斯QM/MM对分子进行优化，高精度原子大概30个，低精度大概2000个。
关键词：# opt freq oniom(M062X/def2svp:uff)
用该关键词优化后有两个小虚频，于是想用Manual Displacement的方法消除虚频

保存新结构后重新用同样的关键词进行优化，结果还是存在一个虚频（大概-5左右的值）。
然后我又尝试换了一个泛函WB97XD，优化完还是有一个虚频存在（大概-7左右的值）。

想请教各位老师有没有什么好的建议，我主要想计算这个体系的能量。
后续还想找到过渡态，后续过渡态优化的时候还有什么需要注意的地方呢，怎么避免总是出现奇怪的虚频呢？
谢谢老师赐教。

wal · 发表于 Post on yesterday 22:30

本帖最后由 wal 于 2024-11-27 13:21 编辑

加个int=superfine看看
体感wb97xd和M062X优化柔性体系都很容易出这种小毛病

编辑：好像有人对体感颇有微词我放一个最近用wb97xd优化的体系展示一下为什么我这样体感

〇66 · 发表于 Post on 5 hour ago

wal 发表于 2024-11-26 22:30
加个int=superfine看看
体感wb97xd和M062X优化柔性体系都很容易出这种小毛病

非常感谢，按照你说的加上了，问题已解决！

sobereva · 发表于 Post on 4 hour ago

没事甭用M06-2X优化，下文明确说了
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278（http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html）

〇66 · 发表于 Post on 3 hour ago

本帖最后由〇66 于 2024-11-27 16:17 编辑

sobereva 发表于 2024-11-27 15:25
没事甭用M06-2X优化，下文明确说了
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http:// ...

非常感谢sob老师答复。
我选用M06-2X的原因：后续还想得到在基态和激发态下，过渡态相对准确的能量，考虑到B3LYP可能没有M06-2X计算的精确，所以先选用了M06-2X直接进行优化。以后是不是可以先用B3LYP找到合适的结构，再用M06-2X计算能量。
另外想问一下老师，激发态的过渡态关键词这样写是否有误，oniom(td/opt=(calcfc,ts,noeigen)/M062X/def2svp:uff)

sobereva · 发表于 Post on 3 hour ago

〇66 发表于 2024-11-27 16:13
非常感谢sob老师答复。
我选用M06-2X的原因：后续还想得到在基态和激发态下，过渡态相对准确的能量，考 ...

是

别乱写/。opt写到ONIOM外头

〇66 · 发表于 Post on 1 hour ago

wal 发表于 2024-11-26 22:30
加个int=superfine看看
体感wb97xd和M062X优化柔性体系都很容易出这种小毛病

想麻烦问一下，体感是什么意思呢？

〇66 · 发表于 Post on 1 hour ago

sobereva 发表于 2024-11-27 16:17
是

别乱写/。opt写到ONIOM外头

谢谢老师回复，麻烦再问一下老师
我用这样的关键词找过渡态，
# opt=(calcfc,ts,noeigen) oniom(td/m062x/def2svp:uff) int=superfine
这是输入文件：

04-ts.gjf (155.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)
在运行了半个小时后出现了报错，输出文件最后几行如下：
N-N= 2.377027957132D+03 E-N=-8.223887063858D+03  KE= 1.468836783183D+03
  Exact polarizability: 239.891  13.651 202.292 4.849  73.767 203.645
Approx polarizability: 275.068  -9.319 245.714  -6.739  75.337 262.687
Small Hessian and NAC in D1E.
Error termination via Lnk1e in /public/home/acgcwoz92l/software/g16/l701.exe at Wed Nov 27 17:33:09 2024.
Job cpu time:    1 days  5 hours 40 minutes  4.5 seconds.
Elapsed time:    0 days  0 hours 27 minutes 51.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 2507 Int=    0 D2E=    0 Chk=    21 Scr=    1

这种情况该如何解决呢，谢谢老师！盼复

wal · 发表于 Post on 1 hour ago

〇66 发表于 2024-11-27 18:28
想麻烦问一下，体感是什么意思呢？

意思就是我根据自己的使用体验而对这两个泛函做出的评价

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[新手求助] 高斯QM/MM对分子进行优化的时候总是出现小虚频

评分 Rate