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[CP2K] 求助,计算bulk体系水中OH-md温度波动太大

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刚开始使用cp2k,计算的体系是63个水分子加一个OH离子,使用的参数是这篇文献使用的参数:https://doi.org/10.1073/pnas.1815117116 ,也是计算水体系的文章。但是我计算的时候体系温度波动很大,一直不收敛。

下面给出我的in文件,请大佬们指点。
@SET PREP 0


@SET SCF_GUESS RESTART
@SET SCREEN_ON_INITIAL_P TRUE


@IF ${PREP}
  @SET SCF_GUESS ATOMIC
  @SET SCREEN_ON_INITIAL_P FALSE
@ENDIF


&GLOBAL
  PROJECT W64-bulk
  PREFERRED_FFT_LIBRARY FFTW
  FFTW_PLAN_TYPE MEASURE
  RUN_TYPE MD
  PRINT_LEVEL LOW
&END GLOBAL


&MOTION
  &MD
    ENSEMBLE     NVT
    STEPS        500
    TIMESTEP     1
    TEMPERATURE  300.0
    &THERMOSTAT
      TYPE       NOSE
      &NOSE
        TIMECON  500
      &END NOSE
    &END THERMOSTAT
  &END MD
  &PRINT         LOW
    &RESTART
      &EACH
        MD       1
      &END EACH
    &END RESTART
    &TRAJECTORY  LOW
    &END TRAJECTORY
    &VELOCITIES  LOW
    &END VELOCITIES
  &END PRINT
&END MOTION




&FORCE_EVAL
  &DFT
    BASIS_SET_FILE_NAME /work/mse-yulk/pans-data/GTH_BASIS_SETS
    BASIS_SET_FILE_NAME /work/mse-yulk/pans-data/BASIS_ADMM
    POTENTIAL_FILE_NAME /work/mse-yulk/pans-data/POTENTIAL
    UKS T
    &MGRID
      CUTOFF 400
    &END MGRID
    &SCF
      SCF_GUESS ${SCF_GUESS}
      MAX_SCF 20
      EPS_SCF 5.0E-7
      &OT
        MINIMIZER DIIS
        PRECONDITIONER FULL_ALL
      &END OT
      &OUTER_SCF
        MAX_SCF 20
        EPS_SCF 5.0E-7
      &END OUTER_SCF
    &END SCF
    &QS
      EPS_DEFAULT 1.0E-12
      EPS_PGF_ORB 1.0E-14
      EXTRAPOLATION_ORDER 5
    &END QS
    &XC # revPBE0-TC-D3
      &XC_FUNCTIONAL
        &PBE
          PARAMETRIZATION REVPBE
          SCALE_X 0.75
          SCALE_C 1.0
        &END
      &END XC_FUNCTIONAL
      &HF
        FRACTION 0.25
        &SCREENING
          EPS_SCHWARZ 1.0E-6
          SCREEN_ON_INITIAL_P ${SCREEN_ON_INITIAL_P}
        &END
        &MEMORY
          MAX_MEMORY 37000
          EPS_STORAGE_SCALING 0.1
        &END
        &INTERACTION_POTENTIAL
          POTENTIAL_TYPE TRUNCATED
          CUTOFF_RADIUS 6.0
          T_C_G_DATA /work/mse-yulk/pans-data/t_c_g.dat
        &END
        &HF_INFO
        &END HF_INFO
      &END
      &VDW_POTENTIAL
         POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL
         &PAIR_POTENTIAL
            TYPE DFTD3
            R_CUTOFF 15
            LONG_RANGE_CORRECTION TRUE
            REFERENCE_FUNCTIONAL revPBE0
            PARAMETER_FILE_NAME /work/mse-yulk/pans-data/dftd3.dat
         &END
      &END
      &XC_GRID
        XC_DERIV SPLINE2
      &END
    &END XC
    &AUXILIARY_DENSITY_MATRIX_METHOD
      METHOD BASIS_PROJECTION
      ADMM_PURIFICATION_METHOD MO_DIAG
    &END AUXILIARY_DENSITY_MATRIX_METHOD
  &END DFT
  &SUBSYS
    &TOPOLOGY
      COORD_FILE_NAME md01.xyz
      COORD_FILE_FORMAT XYZ
      CONN_FILE_FORMAT GENERATE
    &END TOPOLOGY
    &CELL
      ABC [angstrom] 12.42 12.42 12.42
    &END CELL
    &KIND H
      BASIS_SET TZV2P-GTH
      BASIS_SET AUX_FIT cpFIT3
      POTENTIAL GTH-PBE-q1
    &END KIND
    &KIND O
      BASIS_SET TZV2P-GTH
      BASIS_SET AUX_FIT cpFIT3
      POTENTIAL GTH-PBE-q6
    &END KIND
  &END SUBSYS
&END FORCE_EVAL


#&MOTION
#  &DRIVER
#    HOST nid03031
#    PORT 19850
#  &END DRIVER
#&END MOTION


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发表于 Post on 2024-11-28 20:54:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2024-11-29 01:02 编辑

这个水溶液体系是怎么构建的,有没有先几何优化和预平衡?Nose-Hoover热浴及其大到500的时间常数是怎么选的?为什么对只有一个氢氧根离子没有阳离子的电荷不平衡体系,不设体系总电荷-1却要设UKS T?MAX_MEMORY 37000如此巨大,符合实际运行CP2K的计算机的内存容量吗?

虽然体系不算复杂,但是刚开始用CP2K跑AIMD就要复现文献,还是用的revPBE0杂化泛函加TZV2P这么大的基组,实在是迈步大了点。文献的计算设置合不合理是要仔细考量的,就算合理也未见得可以完全照搬到自己的计算条件。推荐参加一个北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)了解背后的各种门道。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-29 08:57:51 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-11-28 20:54
这个水溶液体系是怎么构建的,有没有先几何优化和预平衡?Nose-Hoover热浴及其大到500的时间常数是怎么选的 ...

请老师,是哪个参数设置的电荷减1呢?现在的结果来看是应该对电荷进行设置的,只是一直没找到

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发表于 Post on 2024-11-29 09:49:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2024-11-29 12:45 编辑
462855 发表于 2024-11-29 08:57
请老师,是哪个参数设置的电荷减1呢?现在的结果来看是应该对电荷进行设置的,只是一直没找到

&FORCE_EVAL/&DFT/&CHARGE是设系统总电荷的关键词。但这只是上面列的输入文件的一大堆问题之一,只改这个远不够。

一楼列的这篇文献我也简单看过。CP2K跑分子动力学的常见计算级别没有那么高,也就纯泛函PBE-D3结合2-zeta档次的DZVP-MOLOPT-SR-GTH以及设定恰当的截断能而已,虽然粗糙但计算速度够快;就算不直接用这个级别的结果,也至少可以确认流程和设置是否合理、让自己清楚知道各关键词的意义。而文献涉及的杂化泛函有更多讲究,参考社长博文http://sobereva.com/690或者科音培训班的讲义。

总之,如果没有低计算级别的AIMD计算经验,不要贸然模仿文献操作投入计算资源挑战高计算级别,否则只会像一楼那样浪费大把时间。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-1 09:19:34 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-11-29 09:49
&FORCE_EVAL/&DFT/&CHARGE是设系统总电荷的关键词。但这只是上面列的输入文件的一大堆问题之一,只改这个 ...

好嘞,明白,谢谢老师,我也没敢多算,还在学习参数

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