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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 模拟手性氨基酸（L/D-丙氨酸）的分离力场选择

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[GROMACS] 模拟手性氨基酸（L/D-丙氨酸）的分离力场选择

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楼主

发表于 Post on 2024-11-29 10:40:27 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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本帖最后由 thor 于 2024-11-29 10:45 编辑

想模拟两种氨基酸（L/D-丙氨酸）的手性分离，先用Gaussian b3lyp/6-311g(d,p) em=gd3bj 优化了结构，然后打算计算RESP电荷，最后想要选择GAFF+SPC/E水模型做分子动力学模拟。这个流程或者力场选择有没有问题呢

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熊猫黑又白

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发表于 Post on 2024-11-29 22:41:43 | 只看该作者 Only view this author

The AMBER ff15ipq-m Force Field

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喵星人

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发表于 Post on 2024-12-1 01:57:17 | 只看该作者 Only view this author

D和L的氨基酸参数没有任何区别

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楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-1 15:45:32 | 只看该作者 Only view this author

喵星大佬发表于 2024-12-1 01:57
D和L的氨基酸参数没有任何区别

是的。想利用另外一种手性氨基酸模拟分离手性丙氨酸

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楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-1 15:47:19 | 只看该作者 Only view this author

熊猫黑又白发表于 2024-11-29 22:41
The AMBER ff15ipq-m Force Field

好的，谢谢。好像没怎么看到这个力场

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发表于 Post on 2024-12-1 21:23:01 | 只看该作者 Only view this author

thor 发表于 2024-12-1 15:47
好的，谢谢。好像没怎么看到这个力场

https://ambermd.org/AmberModels_proteins.php
Amber官网就有列出来哦。

敬仰一针见血的指责，厌倦别有用心的赞美。

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