AIMD过程各帧的总能量是否是势能+动能

ljh123

因为需要考察AIMD过程的能量变化，请问各帧的能量是需要重算一边单点能，还是直接用动能+势能就可以呢

Uus/pMeC6H4-/キ

“能量”具体是哪部分的能量？CP2K做分子动力学每一帧输出的势能（可以在主输出文件的"Total FORCE_EVAL"和"MD| Potential energy"关键词后面、.ener文件第五列Pot.、-frc-1.xyz和-pos-1.xyz中各xyz第二行的注释找到，数值应基本一致但记录精度各有差异）就是平时说的电子能量或者单点能，而动能是对应温度下原子核的动能，直接相加不知道有什么意义。

如果要讨论内能、焓和自由能等，那需要考虑的多了，参考Shermo的介绍。

ljh123

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-11-29 14:19
“能量”具体是哪部分的能量？CP2K做分子动力学每一帧输出的势能（可以在主输出文件的"Total FORCE_EVAL"和 ...

我想应该电子能就可以，因为我是想算单电子转移的重组能。不过我参考的文献里给的说法比较模糊："total energy"。。

Uus/pMeC6H4-/キ

ljh123 发表于 2024-11-29 16:22
我想应该电子能就可以，因为我是想算单电子转移的重组能。不过我参考的文献里给的说法比较模糊："total e ...

像社长博文http://sobereva.com/330所讲的重组能么？这应该是基于电子能量算的，看起来和分子动力学都没啥关系，不会牵扯（原子核的）动能啊。

我感觉有个问题是（因为没做过不太确定所以标灰色），考虑到跑AIMD耗时长而计算级别较低，直接提取各帧势能用来做后续计算可能精度不佳，所以有必要选取少数几帧单电子转移前后有代表性的结构，用更好计算级别重算高精度单点能再处理。

ljh123

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-11-29 17:36
像社长博文http://sobereva.com/330所讲的重组能么？这应该是基于电子能量算的，看起来和分子动力学都没 ...

分子动力学可以在二聚体的结构下分别跑四个态，然后用4点法算重组能，这样可以考虑二聚体间的电子转移积分以及显式溶剂。这些都需要跑AIMD获取大量构象并进行统计求平均值。发文章得这样，除非带大牛了不然只用DFT很容易被批。至于精度问题，只能定性比比，但是一般比静态计算有说服力一些