末端非标准残基rtp该如何编写？

mtpeng · 发表于 Post on 2024-11-30 23:49:41

各位老师好，我现在想构建一个末端非标准残基（LPB），该残基是在末端赖氨酸侧链氨基上共价连接了一个分子，我尝试编写了该残基的rtp,但通过pdb2gmx产生拓扑文件（Amber力场）时报错“Atom OXT in residue LPB 39 was not found in rtp entry LPB with 97 atoms”，但LPB中本来就没有OXT这个原子，不清楚为什么会报错？又该如何解决？

sobereva · 发表于 Post on 2024-12-2 03:46:09

注意碳端数据库.c.tdb文件的考虑。参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的ppt：

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[GROMACS] 末端非标准残基rtp该如何编写？

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