蛋白配体复合物动力学模拟时设置mdp文件遇到问题

lmtt · 发表于 Post on 2024-12-1 15:05:17

各位老师好，我在跑蛋白配体复合物的动力学模拟时，选择了Amber99sb力场，模拟的md.mdp文件用的是gromacs给的教程中的mdp文件（如下面附件所示），请问这个文件适合Amber力场吗？如果不行，有没有要修改的地方呀？

tsgyls · 发表于 Post on 2024-12-1 21:04:17

看着没什么问题，可以改小时间，跑个几个ps看结构变化有没有异常

student0618 · 发表于 Post on 2024-12-1 21:05:46

本帖最后由 student0618 于 2024-12-1 21:18 编辑

1. 說清楚是哪个教程，网上有很多不同的教程。
2. Amber力场建议用ff14sb。论坛搜一下也能找到Gmx 用的的包，也可以在https://www.gromacs.org/user_contributions.html下载。
3. 不行，那mdp是charmm力场用的，amber力场要用的话有几项都要改。如何修改可参考力场的原始文献，也可以看看sob老师在这帖的回覆http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 5&fromuid=64740

lmtt · 发表于 Post on 2024-12-2 21:46:54

student0618 发表于 2024-12-1 21:05
1. 說清楚是哪个教程，网上有很多不同的教程。
2. Amber力场建议用ff14sb。论坛搜一下也能找到Gmx 用的的 ...

http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/index.html
是这个网址里的蛋白-配体复合物教程

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