有没有什么能将Lammps的data文件转换为通用的pdb文件或mol2文件之类的方法？

MUMBER · 发表于 Post on 2024-12-1 18:05:20

如题，想找一种方法把data文件转换为其他格式的文件来进行建模和其他处理工作

古德猫宁341 · 发表于 Post on 2024-12-2 08:44:33

可以试试VMD的“topo readlammpsdata”命令，然后用VMD转换成其他格式

BangbooCat · 发表于 Post on 2024-12-2 14:05:09

1、在VMD的Extensions > Tk console中使用`topo readlammpsdata 文件名`读取data模型文件，然后在Graphics > Representations 里面选好你要的分子结构，选择 File > Save Coordinates，里面有保存为PDB格式文件的选项，注意后缀名称加上.pdb。

2、自己编写个脚本转换，PDB文件的定义很简单的

MUMBER · 发表于 Post on 2024-12-2 15:57:41

BangbooCat 发表于 2024-12-2 14:05
1、在VMD的Extensions > Tk console中使用`topo readlammpsdata 文件名`读取data模型文件，然后在Graphics ...

OK，谢谢啦

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