公社群聊Q&A整理：2017.01.04 01 ~ 2017.01.07 07 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-2-8 21:16:25

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2017.01.04 00:12:29
Q:
请问老师们，这个构型再多重度为2时运行完好，可是多重度为2时，运行不出来，请帮我看一下吧/流泪
请问老师们，这个构型再多重度为2时运行完好，可是多重度为4时，运行不出来，请帮我看一下吧/流泪 @Sobereva
请问老师们，这个构型再多重度为2时运行完好，可是多重度为4时，运行不出来，请帮我看一下吧[表情] @Sobereva
A:
@ ~踩着青春奔跑~ 不要一个问题发N遍
Co后头写个2干嘛，完全莫名其妙，结果明显不对
不要写RO，默认的U比RO容易收敛得多，结果也更好
Q:
谢谢老师您，Co后面要写一个数字，表示结束的意思，只要是整数就行；这个配合物是自旋多重度大于1的，因此我选
择的是限制开壳层计算
A:
“要写一个数字，表示结束的意思”大错特错！
根本就不用写
就算写，按习俗也写0，写2会和原子编号混淆
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2017.01.04 00:28:31
Q:
相问下老师在Linux下如何保存观察gview的动图
A:
用linux版gview就完了
Q:
老师我的意思是放在ppt里面
A:
gview保存出来gif动画放进去就完了
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2017.01.04 00:42:53
Q:
# roqcisd(t,MaxCyc=400)/aug-cc-pvtz
这样写语法错误？
是不是qcisd不能直接加“RO”？
A:
不能加
g09里耦合簇才支持ROHF轨道
Q:
那怎么实现 roqcisd的计算呀？
A:
实现不了
QCI比起CC只有劣势没有优势，用QCI本来就很不合适
Q:
是不是Molpro可以实现 roqcisd的计算？
可是我现在的这个体系，势能面较平缓，用CCSD（T）计算单点能量以后，过渡态比其之前的复合物能量还低。这样写
在文章里是不是不太合适？
A:
用QCI绝对白费功夫
这说明你优化时候用的级别比CCSD(T)烂太多，或者优化不够充分
要么就是漏了中间体
Q:
优化用了uM062X/6-311+g(2df,2pd)
没有漏中间体，确实复合物和过渡态能量很接近
A:
IRC上每个或每几个点做一次CCSD(T)单点，和M062X的曲线一对照，一看就知道了
Q:
[图片]
您看这个-2.7和-2.4很接近
我的体系和这个类似
他用的是ROQCISD
您说吧IRC上的点做单点，不优化直接做吗？
A:
显然不优化，CCSD(T)哪优化得动
甭管“他”，结果肯定没你直接用CCSD(T)好
而且不带(T)比带(T)精度差十万八千里
Q:
那它不一定是稳定构型，相应的频率怎么找
直接计算频率吗
A:
DFT优化、算频率
Q:
单点用IRC上最低的那个作为复合物的单点能？
A:
如果折腾一番发现就是M062X优化的极小点和过渡态位置不合理，导致TS的CCSD(T)单点能量比直接连通的极小点处还低
，换好点的双杂化优化再试
IRC显然不可能精确跑到极小点去，显然要对IRC末端优化才能得到准确的极小点结构
Q:
我是对IRC末端优化找的复合物的构型
A:
对于此问题该说的都说了，前面的回复已经涉及到一切可能原因和解决办法了
Q:
CCSD(T)/cc-pvtz计算结果是过渡态比复合物能量高
aug-cc-pvtz/aug-cc-pvtz计算结果是过渡态比复合物能量低
我明白您前面说的意思了，谢谢！
文章中直接用CCSD(T)/cc-pvtz计算结果是不是显得级别有些低？
A:
一点也不低
如果想进一步提高势垒计算定量精度提升到may-cc-pVTZ有益
Q:
[图片]
您看这个文章就是这样的
过渡态比复合物能量还低，这样写合理吗？
[图片]
A:
不合理，除非不是直接连通那个复合物极小点的TS
Q:
[图片]，发表在这个期刊的
那我试试您说的方法，计算IRC路径上各点CCSD能量，最高点作为过渡态的CCSD能量，如果其高于优化出来的复合物的
能量，就OK了，不行的话，就用CCSD(T)/cc-pvtz的计算结果
您说的是这个意思吗？
A:
是CCSD(T)不是CCSD
TS处CCSD(T)单点比直接连通的极小点处CCSD(T)单点要低，说明找极小点、过渡态的级别严重不合理；要弄清楚为什么
会这样，可以对IRC路径上各个点计算CCSD(T)的能量，连成曲线图一探究竟。
解决这种情况的做法就是几何优化的级别用更好点，用更接近于算单点的级别。几何优化的级别和单点计算级别精度足
够接近时，就绝对不可能出现上述现象（除非漏了中间体）。
你用M062X优化时用了弥散，单点时候却不带，是明显不合适的。
合理的级别是：优化和走IRC用M062X/def2TZVP，单点CCSD(T)/cc-pVTZ（或者更好的may-cc-pVTZ）
如果还出现上述现象，把M06-2X换成较好的双杂化泛函再试。常用的B2PLYP还不够好，看这里的讨论
Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
http://sobereva.com/344
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2017.01.04 00:45:57
Q:
老师，有没有bond vlaence软件分享？
A:
意义不明
Q:
审稿意见要求做价键总和计算，我看到文献中给出的是BVS calculations
老师，审稿意见中要求做 bond valence sum (BVS) calculations
和NPA电荷是一个意思么？
A:
肯定不是
没听说过那个，要么是非主流概念，要么就是把简单的概念编了个新词
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2017.01.04 01:05:31
Q:
sob老师，[图片]是起什么作用？
A:
AIM理论中讨论化学键往往用BCP位置上的各种性质来讨论
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2017.01.04 01:20:23
Q:
群主gromacs培训班满了没？
A:
报名第一天就满了
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2017.01.04 01:23:39
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
[图片]
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2017.01.04 01:29:24
Q:
我现在就想知道是R还是S
[图片]
为什么没手性？
它的镜像不能和它重合
gv能直接判断是R还是S?
A:
[图片]
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2017.01.04 02:25:35
Q:
为啥不上萌萌哒美少女呢。。
A:
考虑到一些思想保守的人的接受程度所以还是算了
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2017.01.04 02:32:22
Q:
分子科学学报，物理化学学报，化学学报都接受计算的文章。
没有专门的中文的计算化学期刊
计算机与应用化学可算？
虽然不是SCI
A:
《计算机与应用化学》现在有点偏重于计算机化学，计算化学的内容不到一半
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2017.01.04 03:51:27
Q:
# TD(NStates=20) B3LYP/6-311g(d,p) pop(saveNTO,NTO) formcheck desity=transition=1
已经做完紫外了，做NTO时这个关键字错在哪？
A:
desity拼错
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2017.01.04 04:25:30
Q:
老师保存以后用GV打开cube文件，New Mapped Surface这个选项就选择不了了，不知道是什么原因
[图片]
老师还是跟你请教昨天问您的问题，学生在用gaussview做静电势的时候由于分子比较大，计算得到cube文件特别消耗
时间，按照昨天您给的方法你说我也只是得到了一个cube文件，需要所有的在一起投影到一块，那么学生我应该怎么做呢？
试了一上午，按照正常步骤来的话一点电脑卡了，gaussview就退出白算了，还请sob老师给个建议，是不是可以用Mutiwfn
解决这个问题呢？谢谢
A:
对于大体系，Multiwfn算静电势格点数据没有cubegen快（但算其它任何实空间函数都远比cubegen快），gview就是调
用cubegen算的。
填色投影显示的方式：
gview可以把另一个cube文件的数值投影到某个cube文件的等值面上。比如把cube1载入到gview，进入surface/contour
界面，Cube actions点load cube载入cube2。cube available里选中cube1，然后surface action里选New mapped surface
的时候可以选cube2，选它的话绘制出来的就是cube2投影到cube1等值面的图了。当然也可以不载入cube1，而是载入fch文
件后让gview直接产生对应于cube1的格点数据。
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2017.01.04 04:32:00
Q:
请问一个化合物中键长越长说明亲和力越强吗？
文献中说铕与硝酸根形成络合物之间的键长比与水形成的络合物的键长长，说明硝酸根对铕有更强的亲和力。
但是键长越长不是键能越低么？、
A:
文献里那话显然说得不对
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2017.01.04 04:49:30
Q:
老师，这个图是不是只能由multiwfn输出，可以自己做图吗？[图片]，谢谢老师
A:
也可以把平面数据导出来（后处理菜单有选项），再用sigmaplot之类重新绘制
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2017.01.04 04:55:38
Q:
麻烦问下：[图片]是我算的Formaldehyde的HOMO和LUMO，如何看是成键和反键，那个原子对HOMO和LUMO贡献最大。是看
绝对值还是怎么看呢？我想明白单纯从Log文件如何看。希望不吝赐教，非常谢谢
[图片]这个是说明书里说的
A:
看轨道图形判断，结构化学都学过。或者用Multiwfn计算Mulliken键级，可以分解成各个MO的贡献，其成键还是反键作
用一目了然
原子对轨道定量的贡献用此文方法算
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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2017.01.04 05:07:30
Q:
欢迎相关专业的朋友加入QQ群：-------deleted--------
记得说这种广告可以发一次
不知道这样算几次
[表情]
A:
只允许一次。
群主会有登记的
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2017.01.04 05:12:32
Q:
老师，优化说原子太拥挤，该怎么调结构呢，不会调/尴尬
/玫瑰
[表情]
A:
对于去除不合理的结构UFF就够了
原子距离太近高斯一开始还会报错，或者优化到奇怪的结构。而力场完全是按照gv里键连关系来搞，没这个问题
Q:
老师的意思是用UFF力场优化一下，是么
用UFF力场优化，怎么编辑gjf文件?
A:
# UFF opt
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2017.01.04 05:56:36
Q:
想问一下，在做irc时，走了一个点就正常结束啦，是不是说明前面找到的不是过渡态
A:
[图片]
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2017.01.04 06:18:38
Q:
请教各位老师个问题，比如B3LYP/6-311g要说用
b3lyp方法和6-311g基组能得到较好结果，翻译成英语怎么说比较恰当
[图片]6-311g
李老师只是比如，
A:
深悉极化函数重要性的人不可能懒得打一个*
Q:
sob老师批评的是，主要是不熟悉。
A:
[图片]
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2017.01.04 06:21:27
Q:
@Sobereva老师，每次用UE打开一个Unix格式的文本的时候都会出现以下的对话框，请问有没有什么办法能让该对话框
不出现啊？
[图片]
A:
advanced-configuration
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2017.01.04 06:40:25
Q:
[图片]
装amber出现这个问题，请问怎么解决[表情]
A:
输入pwd看提示什么
Q:
[图片]
A:
严格按视频操作试几次，实在不行就选N
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2017.01.04 06:47:41
Q:
[图片]
这是双描述符计算生成的图像.如果我想在 gview 里看,可以
选[图片],生成cub文件后,用gview打开看就行了吗?
A:
y
----------------------------------------------------
2017.01.04 16:41:06
Q:
请问老师，在ORCA里面用MP2和MP4方法算单点能，输入文件有什么不同吗？@Sobereva
A:
ORCA不支持MP4
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2017.01.04 17:23:45
Q:
麻烦问下关于MS中分子动力学模拟的问题，[图片]这个是不是还没有达到稳定呢？需要继续延长时间吗？希望不吝赐
教，万分感谢！
A:
从温度看基本稳定了。再考查其它特征，诸如密度等
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2017.01.04 17:59:37
Q:
# eomccsd(singlets,nstates=3,energyonly)/6-31+G(d,p) scf=(tight,maxcyc
les=512) nosymmetry
错误信息
*MAX. CYCLES*
*************
Largest amplitude= 9.70D-02
已经用小基组计算成功过
A:
没特殊情况甭用弥散
写scf=(tight,maxcyc
les=512) nosymmetry完全多余
如果看CCSD收敛趋势有收敛的可能，把CCSD的maxcyc加大，或者如果很接近收敛限，把CCSD的conver设松点
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2017.01.04 18:02:00
Q:
老师，B97D3是纯泛函吗？他加了DFT-D校正，搞不懂这是什么关系。[图片]
A:
色散校正和是不是纯泛函完全没直接关系
B97是纯泛函，加了D3显然还是纯泛函
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2017.01.04 18:11:16
Q:
请问两位老师，量化初级班会将polyrate等软件的应用吗？
polyrate自带的例子及manual是很好的学习资料，特别细致
A:
polyrate到高级班才会讲
基础班中的VTST只讲到CVT，用kisthelp实现
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2017.01.04 18:13:45
Q:
老师，请问要寻找溶剂效应里面的能量，根据“最终构型的能量是最后一次优化计算之前得到的”，是不是应该取[图
片]之前的第一个能量数据[图片]？？我之前用查找“SCF Done”的方法找了，找到的往往不能确定是不是稳
老师，请问要寻找溶剂效应里面的能量，根据“最终构型的能量是最后一次优化计算之前得到的”，是不是应该取[图
片]之前的第一个能量数据[图片]？？我之前用查找“SCF Done”的方法找了，找到的往往不能确定是不是稳定点的数据，
所以，老师，请您指导一下。
定点的数据，所以，老师，请您指导一下。
A:
是。
对于DFT计算，你直接取输出文件末尾HF=后面的能量也行，省得你这么找
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2017.01.04 23:14:53
Q:
各位老师，大家都是通过什么方法评估过渡态的
[图片]
这是审稿人的问题
我算的IRC大多数都是L123错误
现在不知道应该用什么方法去解决
那只能跑IRC？
A:
y
Q:
可是好多都不能正常结束
[图片]
[图片]
[图片]
这是我算过渡态的输入文件
跑IRC应该怎么设置输入文件
A:
你前面贴的就对啊
Q:
原来没加lqa，现在加上？
A:
y
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2017.01.04 23:33:27
Q:
http://www.nature.com/neuro/journal/v3/n11s/full/nn1100_1178.html
求一篇文献
谢谢
A:
Discord 求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用
法）
Discord 你在2016-Dec-11时候就已经求过一次sci-hub能下的文献了，当时已警告一次。这是最后一次，没有第三次
了
Q:
好像不能下载
A:
胡说
[图片]
Q:
我的不行
我才来的
不过还是谢谢
要不你就把我踢出来
A:
你是2015-7-6来的，一年多来无数次强调过用sci-hub自行下载
要想证明你没法通过sci-hub下载，发个如上的截图，证明你按照群规里的说明恰当使用了sci-hub，输对了网址，但是
文章pdf却显示不了
就讨厌这种，平时不参与讨论、不关注群信息，唯独到求文献时候才冒出来的人
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2017.01.04 23:34:49
Q:
大家好
有人在么
A:
我很反感“有人在么”这种无意义的信息
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2017.01.04 23:43:58
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
新加群的人一律先仔细看群共享里的群规再发言
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2017.01.04 23:46:16
Q:
老师，我在用ts寻找过渡态时，L9999程序终止了，这是什么情况
A:
提问Gaussian问题的注意事项；Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
Q:
[图片]
我的输入文件，寻找过渡态
[图片]
A:
FAQ里写得很清楚了，加noeigen
不要大量贴图
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2017.01.04 23:49:25
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
从温度看基本稳定了。再考查其它特征，诸如密度等
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2017.01.05 00:03:36
Q:
请问老师，使用文献的坐标发现未得到电子态，如何写关键词能得到电子态
A:
高斯只要正确判断出了点群（在gv里先做对称化），计算完了就能给你当前算的电子态的不可约表示
Q:
我在out文件未找到电子态/难过
我在out文件未找到电子态[表情]
A:
[图片]
Q:
[图片]显示这样
A:
如果用了弥散去掉弥散
如果用了DFT用int=ultrafine再试
实在不行就根据轨道图形，按照特征表标的规则自行判断轨道不可约表示，然后把占据轨道不可约表示做直积
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2017.01.05 00:12:29
Q:
[图片]
老师，您好，想请教关于金属团簇（Ag）的优化问题。输入是这样的结构
[图片]
优化完后是
关键词是：#p opt=cartesian b3lyp/lanl2dz geom=connectivity
请问怎么样能得到比较好的结果，这样变形不
多
A:
我并不清楚金团簇稳定构型是什么样，如果你觉得极小点构型理应和你一开始摆得差不多，改用好点的基组SDD或
Lanl2TZ再试，还不行就尝试BP86
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2017.01.05 00:18:59
Q:
多谢，另外优化这激发态结构，老是几何不收敛，9999错误，输入#p opt=cartesian B3LYP/lanl2dz td(singlet)
scrf=(pcm,solvent=dmso) ，请问有什么方式能解决这问题，试了很多，都不行
A:
9999看此文
提问Gaussian问题的注意事项；Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
----------------------------------------------------
2017.01.05 00:26:33
Q:
[图片]
大家好
为啥会出现上面那种情况啊？
在g09中内层和外层没有连在一起
A:
意义不明，你在gview里确保连接关系正确，用layer工具恰当设定low和high层就完了
----------------------------------------------------
2017.01.05 00:36:08
Q:
老师，您好！我是量子化学的初学者想找几本关于量子化学的书，能推荐几本书吗？
A:
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
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2017.01.05 00:40:15
Q:
怎么查材料的英文名字对应的中文
A:
尝试用百度搜英文名（百度为数不多的用处之一）
----------------------------------------------------
2017.01.05 00:48:05
Q:
有没有人经历过文章Current status: Ready for Decision
是什么情况？
Journal of Magnetism and Magnetic Materials这个杂志。
抱歉！
A:
等一个礼拜再看看
Q:
/玫瑰谢谢小半年了修改过之后又under review，现在成了Ready for Decision
[表情] 谢谢小半年了修改过之后又under review，现在成了Ready for Decision
A:
刚进入这个状态就等等，没准是审稿意见已汇总到编辑那了，正等着编辑做决定
----------------------------------------------------
2017.01.05 00:51:41
Q:
老师，您好，我想问下NTO是指什么啊，然后NTO能反应出材料的什么东西啊？
A:
跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介
http://sobereva.com/91
----------------------------------------------------
2017.01.05 00:59:13
Q:
请问在origin中做出了RDF 如何读取确定的x点的y值？只能用这个在屏幕上点吗？ [图片]
A:
直接从数据文件里找相应的行读就完了
Q:
如果没有那个点呢？是两个点中间/流汗
如果没有那个点呢？是两个点中间[表情]
A:
插值
最简单就是线性插值
----------------------------------------------------
2017.01.05 01:11:04
Q:
老师，几何优化任务正常结束，但一直存在一个小的虚频，该怎么解决，是本身结构的原因吗？[图片][图片]
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
----------------------------------------------------
2017.01.05 01:16:09
Q:
请问各位老师，做scan势能面扫描时出现l502错误该怎样解决？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
我加了关键辞scf(conver=6),我知道opt时默认为是10，那scan呢，也是10吗？
A:
明明默认是8
不管你干什么默认都是8
Q:
这回知道了，我之前以为是10，那还想请教老师，一般最低可以设成多少，意思是这个值设成多少时结构就不可靠了
A:
算单点可以用6，干其它任何事情都不建议降低，除非实在没辙了
“降低”是指的放宽标准
----------------------------------------------------
2017.01.05 01:53:06
Q:
老师，请问比较一个结构内两种原子的反应活性除了电荷分析还可以做什么分析呢
A:
看群共享里亲电取代反应中活性位点预测方法的比较
----------------------------------------------------
2017.01.05 01:56:29
Q:
[图片]
A:
提问Gaussian问题的注意事项；Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
Q:
老师，这个是什么问题啊，说有两个结果
A:
看贴
----------------------------------------------------
2017.01.05 02:04:41
Q:
请问老师，怎么在VMD里面画类似于下列图示的那种效果啊，假设那个空间分布数据(vol data)已经获得的情况下。那
种材质怎么去设定，谢谢！
[图片][图片][图片]
A:
设两个rep，分别用不同的isovalue，一个大一个小
材质你把列表里面凡是有透明效果的都试一遍，还不行就自己精细调节material各项设定。注意绘图时候用tachyon渲
染，效果比GLSL显示得更好
----------------------------------------------------
2017.01.05 02:59:08
Q:
Sob老师，您好。我想问一下用VMD画图的时候，体系[图片]中间没有成键，但是为什么用VMD打开的时候[图片]中间就
成键了呢
A:
不同程序用的判断规则不同，都是基于距离判断
Q:
用VMD可以把中间的键删除吗
中间键的存在跟用高斯优化有构型不一致了，影响图形的呈现
A:
mouse-add/remove bonds
然后点两个原子
Q:
Sob老师选择了这个[图片]，点击两个原子为什么没有什么反应呢
A:
没点准确
Q:
[图片]
A:
点原子中心
Q:
小十字架
[图片]SOb老师，去掉之后会留下一条直线吗
有办法彻底除去吗
A:
你设定了多个显示方式所致
删掉多余的
Q:
恩恩，还有这个原子中心真的很难点[图片]
有时候明明对准了就是不下去，点多了键又连在一起了
A:
你用line方式显示就看得清楚了
Q:
有道理/赞
[图片]
还是点下不去/擦汗是我哪里操作不对吗
A:
你同时显示了一堆体系，你改只是改top的，其它的还连着键，叠加到一起显然看不出来效果
----------------------------------------------------
2017.01.05 03:16:35
Q:
[图片]
高加力是高斯的开发者之一啊？
A:
y
Q:
快报个名问问Foresman写exploring的时候想啥呢
/憨笑懒得搭理他们，等大博士的量化软件写好了，就不想用高斯了
A:
太天真了
Q:
[图片]
/偷笑我给ORCA的开发者写信，泥牛入海
[表情]我给ORCA的开发者写信，泥牛入海
A:
Gaussian这种程序是摩天大楼，写这种程序已经不是光看脑力的问题
大牛都很忙
Q:
去ORCA forum发帖，一般有人回
我之前说GCP有bug就回了
说下个版本修复
/憨笑大博士就比他们轻松不少
[表情]大博士就比他们轻松不少
A:
我已经忙到没法在gmx培训班前扫一月番了
Q:
我想他们加一个模块
/坏笑娃娃写好了直接发给他
/偷笑fortran还没学会呢
[图片]
ORCA是C++还是fortran？
仿佛是C++？
C++
fortran还没学会，何况C++
[表情]这没先后顺序吧
要说“python还没会何况C++”还有些道理
请问基础班和普通班什么时候开班呀？计算红外紫外荧光和催化都是报什么班呀？是学高斯还是应该学MS？？？
@Sobereva
我想先学会fortran在学C++
A:
没有普通班
初级班就已经会讲这些，但深度没有基础班那么深
Q:
就是基础班和初级班
A:
初级班预计今年3~5月
Q:
基础班呢？
可以直接从基础班开始听吗？
A:
学什么看你算什么，分子体系、孤立体系用高斯好得多
如果完全没基础，上初级班效果好得多，免得上基础班听晕了
“初级”是对我而言的初级，“基础”是对我而言的基础
Q:
基础班和初级班是教哪几个软件。有往届的课程表没？
A:
去www.keinsci.com看往届的通知
Q:
好吧。我很难相信几天就能学会呀，有那种一个月半个月的班没？
[图片]
A:
上初级班，只要智力没问题、肯学，必然能学会
Q:
又看见了好吧
A:
不可能有一个半月的，基本没有外地学员请假能请这么长时间
但基础班所有内容慢慢悠悠地讲，足够讲半个月
Q:
之前派人去上海学过。一个星期。什么都没会就回来了……派了两批去回来现在还没入门。还是外国人讲的……
A:
其它乱七八糟的培训能和科音的比？
Q:
再照其他培训班宣扬70%时间上级实操之类
[图片]顶半年
A:
根本不是一个境界的
Q:
/擦汗好吧……
A:
[图片]
不得不发图了
“70%时间上机实操”这种培训我看目的基本就是坑钱的，没做什么ppt，没做什么准备
基础班2000页ppt，哪有时间实操
初级班700多页ppt，才能留出一部分时间实操和辅导
Q:
可以先发ppt预习不？
A:
不可
Q:
/偷笑大博士一片苦心，结果被小白菜鸟们弄得乌烟瘴气
A:
看此文，看科音办培训的思想
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
Q:
看了好几遍了
A:
是的，经常火大
Q:
孟子说，穷则独善其身，达则兼济天下，我现在还只能做到独善其身
有些还能辩一辩，有些真是哭笑不得[图片]
A:
假设参加过程仔细听讲、认真揣摩、反复复习和练习，我敢说：
要是群内所有人参加过初级班，群内能少60%的提问
要是群内所有人参加过基础班，群内能少>90%的提问
Q:
我现在已经很少在群里发问了，很多问题都可以在讲义上找到答案
[表情]变为答疑
A:
是的，群里老问的、讨论过的无数问题全都在培训里体现了，全都在培训中能找到答案
至少涵盖所有月经问题
Q:
[表情]
A:
更不用说半日经那种了
Q:
/憨笑都不是月经问题了，周经乃至日经了
A:
诸如
日经：l502、l9999
半周经：IRC重校正步不收敛、走一两步就停；不会产生fch文件；滥用弥散函数；g_write提示
周经：Caldsu报错
还有敢用兀秃兀秃的6-31G、6-311G，也是周经问题
Q:
没见过，几个月前老板给我学费让我来学，我没敢来，问我为什么不去学，我答:因为计算化学深不可测，不敢轻易入
门。
真好，老师特意让你去学
老板出钱……我羡慕的要死
老板要出钱都没要[图片]又麻烦又不好意思
而且也不贵
A:
学习是自己的事
自己出钱参加过培训，学生期间多出N篇SCI，全赚回来了
Q:
最近忙着答辩还有考试，渡过这个劫
/擦汗自己出钱，老板捂着文章一篇也不给发，但是我学到了全所都不会的好多技术
哎，真是这么想的，老师动员我好几次，因为之前老板派出去的基本都回来还是小白，一个问题解决了两年，搞不懂，
问专业人士，专业人士说这是入门的问题，所以老板跟我说两届学生了还没入门，我看你有化学基础，有C基础，你去学吧
。我当时就拒绝了，因为水太深，不敢轻易入门……
现在到处都是各种三天5000+的培训，并且内行人看课程表就知道没干货
A:
工欲善其事必先利其器
Q:
毕业之后去学
技多不压身，为什么会不敢轻易入门呢
/擦汗炸出这么多人
组里有个人天天拉人去吃这吃那，让图书馆全文传递个自己材料<￥100，不情愿，跑了两天走内支/抠鼻看着那个累啊
娃娃想讲课，不过还是再学几年吧
你给我讲，我免费当你陪练吧/偷笑
米豆豆，你算啥的？
[表情]我先毕业
有人让我做个报告给纯搞合成的人讲讲基础的东西，折腾了一个星期他们仿佛毛都没听懂。/抠鼻后来再说起讲量化的
报告就一点底气都没了，还是纯讲合成的
A:
对方是北大的？
Q:
/抠鼻基本就是组内，和关系挺好的两个组的联合组会
A:
按说北大学生挺机智的...给非211的一些人死活讲不明白我能理解
Q:
/抠鼻可能主要原因是高估了理解速率，信息密度太大了
其实学这个真不看是不是211，北大清华的傻白甜也挺多的。
普通大学会让你接触计算软件吗？一没人二没条件/快哭了
几个北大本科生感觉大致框架跟上了，研究生仿佛不大爱听
A:
有区别。
曾经去大刘组里做个报告，感觉他手下的学生都挺机智，还会写程序，难得
Q:
噫，大刘组的神人们
A:
北大本科生的水平超越外校考过来的研究生我认为太正常
Q:
大刘教授也没让你用BDF爽爽
A:
我对那玩意没兴趣，搞得神神秘秘，用也用Dirac
Q:
[表情]有机的人，看个exp(△G/RT)都想跳过去的大有人在
看到有机反应就想逃
同意，今天刚遇到一个
大二学有机留下来严重的心理阴影
/抠鼻我就怕生物/生化那些模模糊糊的知识，啪，画个圈，这圈儿啥都能做，就是不知道是啥，瞬间懵逼了
非211中枪/抠鼻
A:
这只是统计规律，不指个人
像方维海的本科都是个名不见经传的学校
Q:
考北大清华的绝大部分是城里的，和少了几十分的其他院校考生最大的区别就是他们享受了绝大大多数资源，在国外大
学任教的大批北清的学子，也有大批非北清的学子，科研水平不相伯仲。有机其实是最简单的，物化和量化最难。
找工作的时候这个规律会作为硬性条件卡死很多人，我是觉得非常不合理，我读博期间组内理论计算的东西全是我一个
人自学并且扛起来，我毕业后直接没人会，基础问题都是师弟师妹打来电话问，而这些师弟师妹们都是985本校土著，我是
双非考去的
A:
拿这个卡人显然是不对的
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2017.01.05 03:32:52
Q:
[图片]我想请教各位前辈，为什么单机运行amber的时候就可以读入写入质子化状态的4LYT.cpin文件，提交的超算上就
不能识别啊，是需要更改什么地方吗，在网上也没找到原因，有知道的大神麻烦告诉我一下，拜托啦
A:
大抵你的文件不在超算上，超算上跑的程序找不到文件
Q:
老师，我添加了文件啊，但还是会有这样的错误
A:
8成是amber找你那个文件的地方不是你放那个文件的地方
Q:
我就放在输入文件那里啊[图片]，这个格式我也是参考的教程来的，麻烦老师了
A:
我不清楚你那边超算的情况，若有可能，把cpin的路径写成绝对路径，路径指定清楚为宜
----------------------------------------------------
2017.01.05 03:56:37
Q:
今年基础班大概在几月份
A:
今年中期左右
Q:
老师，初级班今年3-5月真的会有吗
A:
会
Q:
怕报不上名呀/流泪
A:
初级班只要通知发出来后一周内报名应该来得及报上
Q:
春节期间有小班没，我2月底又得回家两月干不成事，有春节期间招工的没。我来打工，扫地什么都行，教我
A:
没
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2017.01.05 04:01:00
Q:
老师，我想算混合体系之间的相互作用力，氢键之类的，用MS的哪个板块呢
A:
看具体体系，否则说不清楚。如果比如两个小分子间，用dmol3基于DFT算；如果很大的分子，用forcite基于力场计算
----------------------------------------------------
2017.01.05 04:12:58
Q:
sob 老师，molclus中的genmer产生初始结构，在genmer.ini相同的情况下，运行两次，产生两个traj.xyz 是一样的。
那如何理解[图片]？
是指每一个traj.xyz中每一个结构都是不同的，对吗？
A:
对
----------------------------------------------------
2017.01.05 04:28:37
Q:
老师您好，过渡态寻找的时候能量出现震荡怎么办
我用的是opt（ts，calcfc，cartesian ，noeigen ）
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2017.01.05 05:10:26
Q:
[图片]
对于图中的构型，16a'是Homo轨道，是吗？
我想知道特定的符号对应第几个轨道。
比如 2a"对应HOMO-6轨道。
A:
y
Q:
依次类推，比如4a"是HOMO-2
A:
y
----------------------------------------------------
2017.01.05 05:13:42
Q:
请问sob老师，基函数编号-5， -4， -3， -2， -1是什么类型啊？
A:
基函数没有这么编号的，除非你是指诸如D-2这种形式
Q:
[图片]不太懂fortran的语法，这里的-5，-4....是啥意思呢？
跟编号1,2,3,4,5的又有什么区别？
A:
给每种shell中的基函数设置以不同类型，类型用数字表示，含义见define.f90：
[图片]
----------------------------------------------------
2017.01.05 05:13:42
Q:
gaussian能不能算一个分子的这种电子构型：[图片]，如果可以，关键词是什么？
A:
用guess=only看初猜轨道顺序，然后自行用guess=alter或guess=permute调节初猜轨道顺序，让指定数目的各种不可约
表示的轨道都纳入到占据轨道即可
----------------------------------------------------
2017.01.05 05:22:55
Q:
sob老师，怎样用ChelpG方法算团簇的ESP电荷，输入文件怎么写呢
A:
pop=CHELPG
Q:
老师，计算团簇的ESP电荷之前需要对结构进行优化吗
A:
需
----------------------------------------------------
2017.01.05 05:40:26
Q:
算能垒不是用电子能量吗？log文件后面的HF=？
A:
自由能
说用电子能量的都是以讹传讹
一看过渡态理论的热力学形式就明白了
----------------------------------------------------
2017.01.05 05:43:47
Q:
[图片][图片]
求各位大神指点
我这个是电荷与自旋多重度的问题吗？
A:
有太重的元素，超过前四周期，6-31G系列没有定义
垃圾关键词都去掉
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
6-31+G这种基组根本没法用，仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
Q:
是电荷与自旋多重度问题
l301；
l301就是电荷与自旋多重度的问题；小木虫上有介绍
A:
完全错误
小木虫上的东西可信度接近0
----------------------------------------------------
2017.01.05 06:04:51
Q:
请问我做优化的时候用的是BP86/def2SVP，那做单点的时候选个什么基组比较合适呢？
A:
def2TZVP
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2017.01.05 06:09:35
Q:
请问我做优化与频率的时候用的是b3lyp/6-311++g(d,p)；计算能量使用的是g3b3；为啥输入与输出文件的构型有变化
？
A:
高斯会把坐标调到标准朝向，看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
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2017.01.05 07:18:21
Q:
请问一下，要买量化计算的服务器的话，怎样的配置比较合适？预算大概三到五万。
讲啥呀，我这水平可不行，小白一枚。。。。。。
看想买品牌机还是自己装，差价较大
[图片]
虎王，配机器，品牌的要比自己组装贵四至六倍的价格
A:
没这么夸张
Q:
原来如此。我目前用过的服务器都不是自己组装的。
而且一般都是戴尔的
A:
国产品牌也就百分之20左右的利
Q:
我在淘宝上配了一台一万五，28核56线程。结果同样的配置，服务器卖家要十来万
A:
明显不是靠谱的卖家
Q:
sob老师说的是。西安的许多服务器卖家胡乱要价
还真没用过十来万的服务器。软件倒是有十几万的。
都说品牌几性能稳定，没有测试数据，不晓得是不是噱头
没有对比数据
[表情]
A:
一方面，前面那家给你用的没准是ES或者QS的；另一方面，后面那个服务器卖家以为你一丁点都不懂
Q:
而且据说这个性能稳定需要长时间才体会得到，这个……太难定义了
所以外行的买服务器，被蒙被骗的机率会高一些
目前性价比最好的cpu是 2683V3，128GB内存，SSD，电脑城报价2W，小品牌机报价3W，某大品牌报价4W
A:
稳定性跟是否是品牌机没直接关系
小品牌往往都是用的超微的平台，根据客户需求加装显卡、内存、硬盘而已算是半攒出来的
自己攒只要不用不靠谱、诡异的配件，稳定性和品牌机完全一样
Q:
是的。我在淘宝组装了两台了，都很稳定。这就和台式机电脑的品牌与组装是一个道理。品牌的不一定稳定，不一定好
。
A:
反倒是一些有名的品牌机厂商（自己生产主板的那种），为了降低成本，使得板卡的设计刚刚够满足稳定运行的标准，
没有余量，还没较好的散件稳健
----------------------------------------------------
2017.01.05 17:10:13
Q:
请问，发生反应的原子在分子中的轨道系数怎么分析？
A:
不是分析系数，如果按前线轨道分析，分析的是轨道成份，看群共享里分子轨道成分的计算，以及
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
----------------------------------------------------
2017.01.06 01:04:47
Q:
各位大神我想用VMD画纳米颗粒球但是画出来的球都是坑坑洼洼的各位大神有没有什么好的解决办法[图片]
VMD里怎么使这个球变得光滑呢求各位大神指点
A:
原本结构看不清楚没法说，如果你用quicksurf肯定看起来平滑
----------------------------------------------------
2017.01.06 01:12:57
Q:
[图片] 请问第一个和第四个有区别吗，我是win7系统，我应该用哪个？谢谢！
?
A:
bin
----------------------------------------------------
2017.01.06 03:22:39
Q:
sob 老师您好！nbo计算分析中，假设有一个成键轨道a，两个反键轨道b 和 c，假设二阶微扰稳定化能E显示，电子从a
离域到b 和c 的E分别是Eb 和Ec（离域到其他轨道的E忽略不计）。那么，我们可以确定地说a上缺失的电子（电子占据数＜
2）主要离域到b 和c上。但是我们想进一步知道有多少电子离域到b?多少离域到a？能否根据Ea/Eb的比值来进行划分呢？
A:
两种情况都按照此公式计算，来估算a往b和往c转移的比例
[图片]
----------------------------------------------------
2017.01.06 03:22:39
Q:
sob老师，您能把这篇文献的出处给我吗？
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
里面encyclopedia的那个
----------------------------------------------------
2017.01.06 03:31:39
Q:
[图片]您好！请问如何输出优化后结构的键长列表
A:
gview里去量就完了，或者gview里进入原子列表观看器，可以同时显示所有内坐标
或者在chem3D里，用structure-measure里的相应选项，可以一次性把所有涉及的内坐标全列出来
----------------------------------------------------
2017.01.06 03:34:27
Q:
怎么用高斯判断f原子的氢键啊@Sobereva
A:
高斯没有直接这种功能
最好的可视化弱相互作用的方法看此文
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
----------------------------------------------------
2017.01.06 03:37:28
Q:
[图片]老师21kcal/mol是判断所有反应能否发生的依据吗，今天我问了两个博士后，一个研究烯烃裂解说以
50kcal/mol为准，一个研究烯烃聚合体系，说以30kcal/mol为准，是不是针对不同反应类型，标准不一样啊？
A:
最终反应快慢要通过k来体现，说多高能反应，还得有其它外加条件，使得最终算出来k够大。21kcal/mol的势垒在室
温下其实反映已经非常慢了，像50kcal/mol没有催化、光照之类的条件不可能在室温发生
----------------------------------------------------
2017.01.06 03:46:22
Q:
有人说CISD方法没有大小一致性是因为算单独的两个分子时没发考虑算复合物时出现的从主要分布在a上的轨道向主要
分布在b上的空轨道这样的激发。这样说来，CCSD也不行啊。也没法考虑这样的激发。但好像CCSD是有大小一致性的。那
CISD没有大小一致性原因在哪儿呢
A:
不是a-b间激发的问题，关键词你算单体时候最多只考虑到激发两个电子的组态，算复合物的时候还是最多考虑激发两
个电子的组态，电子相关的考虑明显不同了。一些理论书籍上诸如陈飞武的都有证明
耦合簇已经等效考虑到无穷高阶激发了，没这个问题
----------------------------------------------------
2017.01.06 03:51:10
Q:
我的输入文件是这样的[图片] 然后我把输出文件拖进wfn里面，结果这样了是怎么回事？[图片]
A:
不能用chk或者高输文件当multiwfn输入文件，做波函数分析要用wfn/wfx/fch/molden文件
----------------------------------------------------
2017.01.06 03:53:38
Q:
请问sob老师：在高斯里面测试波函数的稳定性，是不是在命令行上直接加上stable就可以了呢？@Sobereva
A:
y
Q:
麻烦问下：判断波函数的稳定性，scf=stable 是不是就是stable？
A:
别写scf=
----------------------------------------------------
2017.01.06 04:19:23
Q:
各位老师，请问A和B形成复合物以后，怎么判断是A的什么轨道与B的什么轨道相互作用形成复合物？谢谢
A:
作轨道相互作用图
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
Q:
我想问一下，我要是想知道NO中N的1s电子在第几个轨道上，应该怎么看？
A:
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
一看N最内层基函数对各个MO的贡献便知，有明显贡献的必定是最低的两个MO中的一个，看轨道图形也能判断
----------------------------------------------------
2017.01.06 04:24:56
Q:
请问一下老师，在计算双自由基的单重态和三重态的能量差时，需要在输入文件中将自旋多重度分别设置为单重态和三
重态吗？
A:
y
算单重态时按此文做法
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
Q:
恩恩，计算双自由基的话，不管单重态还是三重态应该都是用非限制性开壳层吧？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.01.06 04:29:57
Q:
[图片]请问老师，有相关内容可以参考计算电子态吗博文或书籍类
A:
不懂群论就看科顿的群论在化学中的应用
----------------------------------------------------
2017.01.06 04:41:38
Q:
老师，您好，我想用AIM分析金属与含氮配体之间的络合作用，那我在计算时，可以对金属使用赝势基组吗？谢谢老师
@Sobereva
A:
可
参看
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
Q:
好的，谢谢老师。
老师，我想用AIM盆分析金属与氮原子定域化与离域化指数，寻找过渡金属的吸引子时，发现有很多。我不知道怎么确
定一个吸引子？或者是我弄错了呢？打扰老师了。@Sobereva
A:
用.wfx文件，否则没有内核密度，拓扑结构会很复杂
----------------------------------------------------
2017.01.06 06:24:01
Q:
老师，有个问题想向您请教一下。使用multiwfn对O-H···O氢键体系（使用Gaussian软件，在M06-2X/6-311+G**水平
下优化并计算单点能）进行分析。发现键临界点处的电子密度由0.024变为0.027，估计的氢键键能由-25kJ/mol增加到了-
30kJ/mol。我想说明氢键强度增强，那这样量级的变化能支持我的结论吗？
A:
能
与其用电子密度讨论，远不如用BCP处势能密度讨论
Q:
电子密度是哪个值? density of all electrons?
A:
y
----------------------------------------------------
2017.01.06 06:50:50
Q:
[图片]老师，为什么我倒这一步的时候，Multiwfn截面就跳没了。
A:
9成是命令输入的格式不对
Q:
我试了几次都是这一步跳没了，范围的格式是英文的逗号把数字隔开吗？
A:
y
若反复不行，就把最后的截图发出来
Q:
[图片]
到这一步，回车就没了
A:
一定要注意看屏幕提示，明明是让你定义要考察的片段
不同版本程序界面会有所差异，要按照屏幕提示操作
如果要考察整个分子表面的静电势分布，这里就输入all
----------------------------------------------------
2017.01.06 07:34:37
Q:
convergence failure, 不收敛.
Convergence criterion not met. 没达到收敛标准.
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
----------------------------------------------------
2017.01.06 08:00:11
Q:
NBO软件能计算周期性结构吗
Mulliken布局分析，bond这一块，population数值的大小能说明键的强弱吗
A:
不能
重叠布居（Mulliken键级）和键的强度关系对应极差，看群共享里Bond Order Analysis Based on the Laplacian of
Electron Density in Fuzzy Overlap Space
Q:
非常感谢sob老师。我用gaussion算了晶体中一个片段的键级来说明键的强弱。但审稿人认为这么算是非周期性的，不
能说明周期性晶体中该键的强弱。
所以想用castep中Mulliken布局这一块bond的population来进一步说一下键的强弱
A:
看是什么晶体。诸如讨论分子晶体中键的强弱，恰当取一个小团簇来算，完全合理
population=布居!=布局
Q:
非常感谢sob老师指出错误。我的结构不是分子晶体，是框架结构的晶体，取出了其中的重复单元计算的。
A:
sigma键离域特征弱，如果考察的键并不是靠边上的，由于边界效应基本影响不到它，完全可以这么算
----------------------------------------------------
2017.01.06 08:47:53
Q:
1983年就有人吐槽了
[图片]
A:
肯定是翻译的
Q:
～必然，那段“无名氏”的话绝对不是中国人说的
A:
主要是语句别扭不通，翻译过来的科技书基本都这样
----------------------------------------------------
2017.01.06 11:46:19
Q:
Excited State 2: 4.021-A" -0.3921 eV
TDDFT计算怎么可能出现负激发能?
是因为波函数优化到了激发态吗?
A:
y
Q:
这种情况用guess=mix管用吗?
A:
没必然性
Q:
一般的处理方法是什么呢?
A:
[图片]
Q:
谢谢群主
这里的stable=opt的原理是不是会尝试不同的电子态,然后找出最稳定的?
A:
是
----------------------------------------------------
2017.01.06 13:30:12
Q:
所谓单点能，我opt时，得到的就是单点能了吧
A:
没有这么说的。单点能是指计算单个结构的电子能量。
死活非要说，只能说opt任务会顺便给出优化轨迹上每个结构的单点能
Q:
哦，谢谢，
就用view打开opt结果，results里summary显示的就是最后优化结构的单点能，对吧
还有您帖子里说，隐形溶剂模型，不能计算不同温度下自由能变，
隐形溶剂模型对不同温度计算，束手无策了吧
A:
只能气相自由能部分考虑温度，溶解自由能这部分考虑不了温度影响
----------------------------------------------------
2017.01.06 18:03:55
Q:
[图片][图片]sob老师，这个是开壳层的CDA分析。博文166中说考虑翻转电子自旋，我这样写对吗？[图片]这是按照上
面操作的错误提示
[图片][图片]sob老师，这个是开壳层的CDA分析。博文166中说考虑翻转电子自旋，我这样写对吗？[图片]
A:
看博文和群共享里《广义化的电荷分解分析(GCDA)方法》了解为什么要翻转，弄清楚了自然就明白了
----------------------------------------------------
2017.01.06 18:13:36
Q:
请问sob老师：如果要把闭壳层单态构型再用弄成开壳层单态优化一遍的话，输入文件的命令行需要加上mix吗？
@Sobereva
A:
需要
----------------------------------------------------
2017.01.06 19:59:08
Q:
居然有盗版的！
看清楚了，这个不是
[图片]
举报举报！
http://jubao.12377.cn:13225/reportinputcommon.do
大家快去这个网站举报！
不是，就是有人盗用
我已经举报，查询码是00417010612102800606
A:
[图片]
近日北京科音自然科学研究中心旗下的计算化学公社(bbs.keinsci.com)出现了盗版网站
(http://www.baihaishengwu.com)，请大家注意分辨不要被骗，并且欢迎到“中国互联网违法和不良信息举报中心”进行举
报http://jubao.12377.cn:13225/reportinputcommon.do。
Q:
这伪造的
[图片] 应该选侵权还是什么老师？
A:
侵权
Q:
为什么叫电子计算机化学公社
A:
已经不是涉嫌抄袭了，而是完全照搬
内容完全一样，每隔一段时间就搬一次
Q:
计算机专业进行网络上的犯罪
为啥这些人喜欢搞这些
是不是黑客做的
A:
盗版论坛里有广告，肯定是从中非法牟利
Q:
[图片]
[图片]
A:
/赞
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2017.01.06 22:27:00
Q:
---------------------
A:
说清楚是什么图，贴出来
Q:
[图片]
A:
我说的是在Multiwfn里作的图
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2017.01.06 22:27:00
Q:
请问NBO6.0和3.0最大的区别是什么？对于分析化学键有什么不同？
审稿人的意见，可是我从没有用过6.0
A:
用呗
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2017.01.07 04:43:12
Q:
有兴趣的读读这篇science.. 关于DFT方法的..
表示不知道咋评价
在1月份的science上，这好像是个专题:whither the density in DFT calculations?一共两篇文章关于这件事。
我刚才也看了，感觉不知道咋评价……
请大社长来点评一下
我看这个文章也就是投个JPCA或者PRB之类的
A:
毕竟作者有perdew
[表情]
Q:
老师，您认同这篇文章作者提出的观点吗？
/鼓掌
理论的大牛要是多多在science或者nature上灌水的话，对理论圈的发展应该还是有利的..
A:
杨伟涛之前在science上也发过DFT的文
Q:
这文章就是以CCSD为标准，计算很多泛函的电子密度，衡量这些计算的电子密度和CCSD电子密度的差异，然后判断泛函
的好坏..
以前很多泛函都是做一个化学键的解离曲线..
A:
我之前也打算做这种测试，但测试的时候一定要把不同区域分开考虑，比如价层区域、弱相互作用区域、内核区域等
Q:
[图片]
A:
比如内核区域描述不好，但是价层、弱相互作用区域不错，那也没问题
Q:
社长要是先做了..他们就发不了science了..
A:
像这篇文章Theor Chem Acc (2016) 135:242，比较了DFT与CCSD在弱相互作用区域的密度，没多大差异
science这篇感觉有点标题党
同样的文章，别人发JCP，perdew要发PRL
像SCAN泛函（PRL 115, 036402 (2015)）就是
而Becke专注JCP几十年，我比较欣赏
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2017.01.07 05:04:38
Q:
[图片]这个写法对吗？
A:
不对
应该写 ...复制了“计算化学公社”（bbs.keinsci.com）
不是计算机化学
计算机化学和计算化学这两个词含义相差很多
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2017.01.07 05:11:45
Q:
[图片]
老师，这个提交成功了还需要做什么吗？
A:
tks，不用了
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2017.01.07 05:12:11
Q:
哪位知道NBO理论的自然自旋轨道natural spin orbital是什么意思，怎么理解
A:
根本不是一码事，后者根本不是前者框架里面的东西
不要因为NBO有个natural就把各种带natural的轨道都和它搞在一起
[表情]
看此贴http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4812
Q:
NBO原文里面有这句话，理解不了
Sob的解释中有：自旋自然轨道（对自旋密度矩阵对角化得到的自然轨道）
NO是对整个体系的密度矩阵对角化得到的
NBO是以NAO为基的对密度矩阵的一个块（对应局部1~3个原子）对角化得到的，可以认为是1~3中心的自然轨道
NPA是自然布居分析，是NBO中获得NAO以及其占据数的方法
自然轨道特征和分子轨道很相似，都是离域性比较强。分子轨道是HF/DFT计算产生的，每个轨道占据数都是整数，有相
应的能量值（即Fock/KS算符的本征值）；自然轨道是后HF计算产生的，是后HF密度矩阵的本征函数，价层自然轨道的占据
是分数（对于闭壳层，在0~2之间），并且没有相应的能量值。
正则轨道就是指直接求解HF或KS-DFT方程得到的轨道
自然轨道是对于后HF而言的。后HF脱离了单电子近似，本身没有HF、KS-DFT那样的轨道的，但是可以通过对角化密度矩
阵来得到一套轨道，就是自然轨道。
自然轨道和正则分子轨道一样也是有高度离域特征的。NBO轨道定域性很强，2中心或3中心，是通过对整个体系密度矩
阵在局部进行对角化得到的。
与正则分子轨道直接对立的是定域化分子轨道，是对正则分子轨道进行酉变换得到的，有高度定域性。
从定域程度上来分
定域：自然键轨道(NBO)、定域化分子轨道(NLMO)
半定域：AdNDP轨道
离域：正则分子轨道(CMO)、自然轨道(NO)
从理论方法来分
CMO、NLMO：对HF、KS-DFT而言的
NO：对后HF而言的
AdNDP、NBO：对HF、KS-DFT和后HF波函数都可产生
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2017.01.07 05:15:27
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
现在忙得要死，实在没时间看，等有空看过之后可能到论坛里发个帖说说
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2017.01.07 05:48:53
Q:
在VMD里看Multiwfn生成的 RDG isosurface 的时候，可以把选定区域的框框弄出来吗？
[图片]
就是像这样的框框
A:
图形界面右侧有个选项可以显示这个框。如果盒子太大，超过图中的边界就看不到了
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2017.01.07 06:08:48
Q:
老师，如果我要用福井函数计算亲核进攻的活性位点，我是不是先几何优化一个结构，然后在这个基础上算一个电荷减
一的单点。然后先输入单点的wfn-1文件然后减去下面输入几何优化的wfn[图片]。您的算例里面计算了亲电的情况。我这样
理解对吗？
还有，老师，用福井函数可以计算出类似ALIE这样[图片]显示极值点的图吗？
[图片]是不是这个算例，然后可视化显示？
A:
紫色是正值，蓝色是负值，根据手册里的讨论即可判断
紫色是正值，青色是负值
Q:
好的，老师，亲核进攻的情况是不是用福井更合理一些
A:
ALIE不是用来考察亲核的，只能用于亲电或者自由基反应
亲核的讨论看群共享里《预测亲核反应位点方法的比较》
Q:
假入一个-OH自由基进攻一个中性分子，进行加成反应或者取代中性分子中的某个原子（如Br原子），这样的反应是不
是都是亲核反应？
这个概念我清楚，但是还是想确定下上面我问的问题，那样的反应是不是就是亲核反应？
假如一个-OH自由基进攻一个中性分子，进行加成反应或者取代中性分子中的某个原子（如Br原子），这样的反应是不
是都是亲核反应？
Q:
有机反应的一类，电负性高的或者电子云密度较大的亲核基团向反应底物中的带正电的或者电子云密度较低的部分进
攻而使反应发生，这种反应为亲核反应。
A:
你看反应过程中电子是怎么流动的，参考原子电荷判断，以此来决定是否属于这种
Q:
看反应过程中电子是怎么流动的就是说已经发生了反应，而如果想寻找亲核反应位点就要先判断是否亲核反应，这应该
在做反应之前，两者是个悖论啊@Sobereva
A:
本来福井函数、双描述符等等，解释的作用比预测的作用更大
原子电荷计算方法很多，看群共享里原子电荷计算方法的对比，弄清楚到底要算哪种
自旋布居看
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/35
Q:
老师，如果我想看在多芳环碳基上加载不同的含氧官能团，来对比不同含氧官能团对活性位点的影响，但含氧集团的原
子数不一样，这样他们之间的活性位点的数值有可比性吗？还是需要将含氧官能团加载到同一个多芳环碳基上进行比较。
A:
有可比性
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