关于过渡态构象的搜寻方法与操作流程

hujj29 · 发表于 Post on 2024-12-2 23:51:12

本帖最后由 hujj29 于 2024-12-2 23:51 编辑

拜读了sob老师总结的使用Molclus结合xtb对分子做构象搜索的帖子，收获颇丰！http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
但文中提到的例子均为分子在稳定结构下的构象搜索，没有涉及到关于过渡态构象的例子演示。
所以想请教各位老师，我通过gaussian在M06-2X/6-31G(d)的计算级别下获得了初始过渡态结构后，应如何使用Molclus或CREST程序搜寻可能存在的能量更低的过渡态构象，具体应该如何操作？

sobereva · 发表于 Post on 2024-12-3 01:10:39

让gentor只旋转反应不涉及的区域的二面角产生初始构象，并且molclus做构象搜索时用《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》（http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html）提到的下面这个设置把反应牵扯的区域冻结即可

freeze：设置含有优化过程的任务中原子的冻结情况。0代表不做冻结，设成诸如1,4-6,8-10代表对1,4,5,6,8,9,10原子的笛卡尔坐标进行冻结。对Gaussian/ORCA/MOPAC/xtb有效

hujj29 · 发表于 Post on 2024-12-3 08:53:45

sobereva 发表于 2024-12-3 01:10
让gentor只旋转反应不涉及的区域的二面角产生初始构象，并且molclus做构象搜索时用《使用molclus程序做团簇 ...

感谢sob老师

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