捐赠本论坛 (Donate this site)
开启辅助访问 切换到宽版

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 一模一样的初始文件，跑rerun，两次结果不一样
返回列表 Return 发新帖
Views: 780|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 一模一样的初始文件，跑rerun，两次结果不一样

[复制链接 Copy URL]
xxx127

82

帖子

0

威望

333

eV
积分
415

Level 3 能力者
跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
发表于 Post on 2024-12-3 15:18:40 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
本帖最后由 xxx127 于 2024-12-4 10:59 编辑

对比两个log文件，发现只有ld-seed这个参数有差别，有没有大佬知道这是什么原因导致的
附我认为错误的模拟(ld-seed = 123604042)：
@ s0 legend "Coul-SR:leftin-leftin"
@ s1 legend "LJ-SR:leftin-leftin"
@ s2 legend "Coul-SR:rightin-rightin"
@ s3 legend "LJ-SR:rightin-rightin"
     0.000000  -478.628479  -118.852997    0.000000    0.000000
    1.000000  -474.392029  -103.202522    0.000000    0.000000
    2.000000  -471.920166  -122.774239    0.000000    0.000000
    3.000000  -473.729126  -126.067245    0.000000    0.000000
    4.000000  -470.662170  -121.280731    0.000000    0.000000
    5.000000  -475.543701  -107.152908    0.000000    0.000000
    6.000000  -472.631958  -117.776604    0.000000    0.000000
    7.000000  -475.125946  -117.924507    0.000000    0.000000
    8.000000  -472.335083  -97.736244    0.000000    0.000000
    9.000000  -473.706116  -100.887009    0.000000    0.000000
   10.000000  -477.310669  -91.141815    0.000000    0.000000
   11.000000  -474.757172  -92.951813    0.000000    0.000000
   12.000000  -476.350311  -84.839539    0.000000    0.000000
   13.000000  -480.117004  -86.455193    0.000000    0.000000
   14.000000  -471.353333  -86.339157    0.000000    0.000000
   15.000000  -478.203552  -71.673683    0.000000    0.000000
   16.000000  -479.165161  -85.107513    0.000000    0.000000
   17.000000  -478.340668  -75.278351    0.000000    0.000000
   18.000000  -473.911987  -83.797638    0.000000    0.000000
   19.000000  -476.786499  -91.984390    0.000000    0.000000
   20.000000  -478.927826  -100.777863    0.000000    0.000000
   21.000000  -480.460876  -96.634804    0.000000    0.000000
   22.000000  -474.064606  -105.588707    0.000000    0.000000
   23.000000  -477.911804  -97.156754    0.000000    0.000000
   24.000000  -478.648193  -99.559036    0.000000    0.000000
   25.000000  -472.125824  -104.962997    0.000000    0.000000
   26.000000  -485.988861  -85.459961    0.000000    0.000000
   27.000000  -484.931335  -108.146156    0.000000    0.000000
   28.000000  -478.451111  -104.143417    0.000000    0.000000
   29.000000  -475.137848  -90.729675    0.000000    0.000000
   30.000000  -483.564087  -85.601746    0.000000    0.000000
   31.000000  -482.912079  -94.166672    0.000000    0.000000
   32.000000  -478.855347  -90.254486    0.000000    0.000000
   33.000000  -484.706238  -104.702026    0.000000    0.000000
   34.000000  -486.294495  -94.498283    0.000000    0.000000
   35.000000  -487.990967  -81.701225    0.000000    0.000000
   36.000000  -484.663788  -101.429947    0.000000    0.000000
   37.000000  -490.228119  -89.068947    0.000000    0.000000
   38.000000  -481.703430  -101.721565    0.000000    0.000000
   39.000000  -482.488403  -88.403488    0.000000    0.000000
   40.000000  -484.626770  -102.168518    0.000000    0.000000
   41.000000  -484.468872  -104.910881    0.000000    0.000000
   42.000000  -483.734802  -96.607147    0.000000    0.000000
   43.000000  -481.612854  -84.228065    0.000000    0.000000
   44.000000  -479.892548  -85.868683    0.000000    0.000000
   45.000000  -487.144745  -72.582977    0.000000    0.000000
   46.000000  -482.595276  -88.166504    0.000000    0.000000
   47.000000  -488.102997  -87.397392    0.000000    0.000000
   48.000000  -487.386230  -93.904411    0.000000    0.000000
   49.000000  -484.514435  -102.363945    0.000000    0.000000
   50.000000  -483.913025  -102.513077    0.000000    0.000000

附我认为正确的模拟(ld-seed  = -139688839)：
@ s0 legend "Coul-SR:leftin-leftin"
@ s1 legend "LJ-SR:leftin-leftin"
@ s2 legend "Coul-SR:rightin-rightin"
@ s3 legend "LJ-SR:rightin-rightin"
    0.000000  -478.628479  -118.852997  -467.359863  -342.902283
    1.000000  -474.392029  -103.202522  -465.290649  -336.001678
    2.000000  -471.920166  -122.774239  -466.924316  -356.056152
    3.000000  -473.729126  -126.067245  -467.559814  -338.434265
    4.000000  -470.662170  -121.280731  -465.025696  -371.711914
    5.000000  -475.543701  -107.152908  -467.782623  -384.397583
    6.000000  -472.631958  -117.776604  -466.166626  -358.762207
    7.000000  -475.125946  -117.924507  -470.068909  -366.489777
    8.000000  -472.335083  -97.736244  -462.545410  -358.059052
    9.000000  -473.706116  -100.887009  -471.232727  -319.063080
   10.000000  -477.310669  -91.141815  -470.217285  -335.902954
   11.000000  -474.757172  -92.951813  -471.183716  -327.236603
   12.000000  -476.350311  -84.839539  -469.967926  -344.779968
   13.000000  -480.117004  -86.455193  -471.249084  -306.114471
   14.000000  -471.353333  -86.339157  -471.060791  -324.502075
   15.000000  -478.203552  -71.673683  -474.668976  -307.050629
   16.000000  -479.165161  -85.107513  -477.765442  -314.934784
   17.000000  -478.340668  -75.278351  -476.254822  -327.682922
   18.000000  -473.911987  -83.797638  -478.664795  -309.315247
   19.000000  -476.786499  -91.984390  -479.992493  -322.357452
   20.000000  -478.927826  -100.777863  -482.816803  -320.063354
   21.000000  -480.460876  -96.634804  -480.216309  -327.306519
   22.000000  -474.064606  -105.588707  -486.441895  -365.361267
   23.000000  -477.911804  -97.156754  -484.829285  -341.619141
   24.000000  -478.648193  -99.559036  -479.883484  -340.641876
   25.000000  -472.125824  -104.962997  -487.581238  -333.393951
   26.000000  -485.988861  -85.459961  -484.417480  -307.918304
   27.000000  -484.931335  -108.146156  -485.709625  -339.144897
   28.000000  -478.451111  -104.143417  -486.556183  -334.229218
   29.000000  -475.137848  -90.729675  -487.771271  -325.844971
   30.000000  -483.564087  -85.601746  -492.515167  -303.332855
   31.000000  -482.912079  -94.166672  -490.017212  -333.517761
   32.000000  -478.855347  -90.254486  -496.321381  -306.370789
   33.000000  -484.706238  -104.702026  -491.746674  -318.092560
   34.000000  -486.294495  -94.498283  -485.954468  -325.412781
   35.000000  -487.990967  -81.701225  -482.665833  -364.669556
   36.000000  -484.663788  -101.429947  -489.174683  -344.040710
   37.000000  -490.228119  -89.068947  -491.011230  -349.456055
   38.000000  -481.703430  -101.721565  -487.405792  -366.052551
   39.000000  -482.488403  -88.403488  -488.902466  -343.280945
   40.000000  -484.626770  -102.168518  -492.261627  -362.391235
   41.000000  -484.468872  -104.910881  -491.425903  -353.970398
   42.000000  -483.734802  -96.607147  -489.960022  -335.697205
   43.000000  -481.612854  -84.228065  -488.876587  -365.214081
   44.000000  -479.892548  -85.868683  -488.594116  -355.748047
   45.000000  -487.144745  -72.582977  -488.639221  -365.704620
   46.000000  -482.595276  -88.166504  -492.805939  -362.576508
   47.000000  -488.102997  -87.397392  -480.761169  -353.823486
   48.000000  -487.386230  -93.904411  -484.718872  -368.828369
   49.000000  -484.514435  -102.363945  -488.070496  -346.731201
   50.000000  -483.913025  -102.513077  -482.503052  -369.271790



回复 Reply

举报 Report

snljty2

455

帖子

1

威望

2927

eV
积分
3402

Level 5 (御坂)
2#
发表于 Post on 2024-12-3 15:38:00 | 只看该作者 Only view this author
这个参数控制随机数种子，这个不一样模拟结果当然不一样。即使输入文件严格一致，因为并行计算的顺序问题长时间模拟后结果也不会严格一致。参考卢老师博文《数值误差对计算化学结果重现性的影响》。
回复 Reply

举报 Report

raku

42

帖子

0

威望

135

eV
积分
177

Level 3 能力者
3#
发表于 Post on 2024-12-3 16:25:53 | 只看该作者 Only view this author
种子不一样结果肯定不一样，修改为一样后再试试。通常就没问题了
回复 Reply

举报 Report

xxx127

82

帖子

0

威望

333

eV
积分
415

Level 3 能力者
4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-3 17:18:10 | 只看该作者 Only view this author
snljty2 发表于 2024-12-3 15:38
这个参数控制随机数种子，这个不一样模拟结果当然不一样。即使输入文件严格一致，因为并行计算的顺序问题长 ...

感谢！
但这篇博文里说种子数目不允许用户设定，那也就是说这种差别不可避免吗？
主要是我的两次模拟中有一次是错误的，我该如何避免这种错误呢
回复 Reply

举报 Report

xxx127

82

帖子

0

威望

333

eV
积分
415

Level 3 能力者
5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-3 17:20:40 | 只看该作者 Only view this author
raku 发表于 2024-12-3 16:25
种子不一样结果肯定不一样，修改为一样后再试试。通常就没问题了

感谢！！但二楼发的博文里说种子数目不允许用户设定
我的两次模拟中有一次是错误的，如果种子数目是随机生成的，那错误不可避免吗
回复 Reply

举报 Report

Lance先生

143

帖子

0

威望

1083

eV
积分
1226

Level 4 (黑子)
6#
发表于 Post on 2024-12-3 21:28:04 | 只看该作者 Only view this author
gromacs是基于麦克斯韦-玻尔兹曼统计对体系的原子随机赋予初速度，所以参数一致往往几次模拟也很难得到完全相同的结果。
愿艾欧尼亚之灵指引你。
回复 Reply

举报 Report

student0618

885

帖子

4

威望

2047

eV
积分
3012

Level 5 (御坂)

A Student
7#
发表于 Post on 2024-12-3 21:34:26 | 只看该作者 Only view this author
xxx127 发表于 2024-12-3 17:20
感谢！！但二楼发的博文里说种子数目不允许用户设定
我的两次模拟中有一次是错误的，如果种子数目是随机 ...

什么是“错误的模拟”？ 报错崩溃了嗎？
不能得到想要的結果可以是因為隨機性、 用作參考的有問題、 或者真是參數有問題等。除非是报错，否则不会有一条轨迹“错误”、一条轨迹正确这种事情。
敬仰一针见血的指责，厌倦别有用心的赞美。
回复 Reply

举报 Report

xxx127

82

帖子

0

威望

333

eV
积分
415

Level 3 能力者
8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-4 10:55:35 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2024-12-3 21:34
什么是“错误的模拟”？ 报错崩溃了嗎？
不能得到想要的結果可以是因為隨機性、 用作參考的有問題、 或 ...

没有崩溃
但是一个液滴内(rightin)所有分子间的coul-SR和lLJ-SR每一时刻都为0

附我认为错误的模拟：
@ s0 legend "Coul-SR:leftin-leftin"
@ s1 legend "LJ-SR:leftin-leftin"
@ s2 legend "Coul-SR:rightin-rightin"
@ s3 legend "LJ-SR:rightin-rightin"
     0.000000  -478.628479  -118.852997    0.000000    0.000000
    1.000000  -474.392029  -103.202522    0.000000    0.000000
    2.000000  -471.920166  -122.774239    0.000000    0.000000
    3.000000  -473.729126  -126.067245    0.000000    0.000000
    4.000000  -470.662170  -121.280731    0.000000    0.000000
    5.000000  -475.543701  -107.152908    0.000000    0.000000
    6.000000  -472.631958  -117.776604    0.000000    0.000000
    7.000000  -475.125946  -117.924507    0.000000    0.000000
    8.000000  -472.335083  -97.736244    0.000000    0.000000
    9.000000  -473.706116  -100.887009    0.000000    0.000000
   10.000000  -477.310669  -91.141815    0.000000    0.000000
   11.000000  -474.757172  -92.951813    0.000000    0.000000
   12.000000  -476.350311  -84.839539    0.000000    0.000000
   13.000000  -480.117004  -86.455193    0.000000    0.000000
   14.000000  -471.353333  -86.339157    0.000000    0.000000
   15.000000  -478.203552  -71.673683    0.000000    0.000000
   16.000000  -479.165161  -85.107513    0.000000    0.000000
   17.000000  -478.340668  -75.278351    0.000000    0.000000
   18.000000  -473.911987  -83.797638    0.000000    0.000000
   19.000000  -476.786499  -91.984390    0.000000    0.000000
   20.000000  -478.927826  -100.777863    0.000000    0.000000
   21.000000  -480.460876  -96.634804    0.000000    0.000000
   22.000000  -474.064606  -105.588707    0.000000    0.000000
   23.000000  -477.911804  -97.156754    0.000000    0.000000
   24.000000  -478.648193  -99.559036    0.000000    0.000000
   25.000000  -472.125824  -104.962997    0.000000    0.000000
   26.000000  -485.988861  -85.459961    0.000000    0.000000
   27.000000  -484.931335  -108.146156    0.000000    0.000000
   28.000000  -478.451111  -104.143417    0.000000    0.000000
   29.000000  -475.137848  -90.729675    0.000000    0.000000
   30.000000  -483.564087  -85.601746    0.000000    0.000000
   31.000000  -482.912079  -94.166672    0.000000    0.000000
   32.000000  -478.855347  -90.254486    0.000000    0.000000
   33.000000  -484.706238  -104.702026    0.000000    0.000000
   34.000000  -486.294495  -94.498283    0.000000    0.000000
   35.000000  -487.990967  -81.701225    0.000000    0.000000
   36.000000  -484.663788  -101.429947    0.000000    0.000000
   37.000000  -490.228119  -89.068947    0.000000    0.000000
   38.000000  -481.703430  -101.721565    0.000000    0.000000
   39.000000  -482.488403  -88.403488    0.000000    0.000000
   40.000000  -484.626770  -102.168518    0.000000    0.000000
   41.000000  -484.468872  -104.910881    0.000000    0.000000
   42.000000  -483.734802  -96.607147    0.000000    0.000000
   43.000000  -481.612854  -84.228065    0.000000    0.000000
   44.000000  -479.892548  -85.868683    0.000000    0.000000
   45.000000  -487.144745  -72.582977    0.000000    0.000000
   46.000000  -482.595276  -88.166504    0.000000    0.000000
   47.000000  -488.102997  -87.397392    0.000000    0.000000
   48.000000  -487.386230  -93.904411    0.000000    0.000000
   49.000000  -484.514435  -102.363945    0.000000    0.000000
   50.000000  -483.913025  -102.513077    0.000000    0.000000

附我认为正确的模拟：
@ s0 legend "Coul-SR:leftin-leftin"
@ s1 legend "LJ-SR:leftin-leftin"
@ s2 legend "Coul-SR:rightin-rightin"
@ s3 legend "LJ-SR:rightin-rightin"
    0.000000  -478.628479  -118.852997  -467.359863  -342.902283
    1.000000  -474.392029  -103.202522  -465.290649  -336.001678
    2.000000  -471.920166  -122.774239  -466.924316  -356.056152
    3.000000  -473.729126  -126.067245  -467.559814  -338.434265
    4.000000  -470.662170  -121.280731  -465.025696  -371.711914
    5.000000  -475.543701  -107.152908  -467.782623  -384.397583
    6.000000  -472.631958  -117.776604  -466.166626  -358.762207
    7.000000  -475.125946  -117.924507  -470.068909  -366.489777
    8.000000  -472.335083  -97.736244  -462.545410  -358.059052
    9.000000  -473.706116  -100.887009  -471.232727  -319.063080
   10.000000  -477.310669  -91.141815  -470.217285  -335.902954
   11.000000  -474.757172  -92.951813  -471.183716  -327.236603
   12.000000  -476.350311  -84.839539  -469.967926  -344.779968
   13.000000  -480.117004  -86.455193  -471.249084  -306.114471
   14.000000  -471.353333  -86.339157  -471.060791  -324.502075
   15.000000  -478.203552  -71.673683  -474.668976  -307.050629
   16.000000  -479.165161  -85.107513  -477.765442  -314.934784
   17.000000  -478.340668  -75.278351  -476.254822  -327.682922
   18.000000  -473.911987  -83.797638  -478.664795  -309.315247
   19.000000  -476.786499  -91.984390  -479.992493  -322.357452
   20.000000  -478.927826  -100.777863  -482.816803  -320.063354
   21.000000  -480.460876  -96.634804  -480.216309  -327.306519
   22.000000  -474.064606  -105.588707  -486.441895  -365.361267
   23.000000  -477.911804  -97.156754  -484.829285  -341.619141
   24.000000  -478.648193  -99.559036  -479.883484  -340.641876
   25.000000  -472.125824  -104.962997  -487.581238  -333.393951
   26.000000  -485.988861  -85.459961  -484.417480  -307.918304
   27.000000  -484.931335  -108.146156  -485.709625  -339.144897
   28.000000  -478.451111  -104.143417  -486.556183  -334.229218
   29.000000  -475.137848  -90.729675  -487.771271  -325.844971
   30.000000  -483.564087  -85.601746  -492.515167  -303.332855
   31.000000  -482.912079  -94.166672  -490.017212  -333.517761
   32.000000  -478.855347  -90.254486  -496.321381  -306.370789
   33.000000  -484.706238  -104.702026  -491.746674  -318.092560
   34.000000  -486.294495  -94.498283  -485.954468  -325.412781
   35.000000  -487.990967  -81.701225  -482.665833  -364.669556
   36.000000  -484.663788  -101.429947  -489.174683  -344.040710
   37.000000  -490.228119  -89.068947  -491.011230  -349.456055
   38.000000  -481.703430  -101.721565  -487.405792  -366.052551
   39.000000  -482.488403  -88.403488  -488.902466  -343.280945
   40.000000  -484.626770  -102.168518  -492.261627  -362.391235
   41.000000  -484.468872  -104.910881  -491.425903  -353.970398
   42.000000  -483.734802  -96.607147  -489.960022  -335.697205
   43.000000  -481.612854  -84.228065  -488.876587  -365.214081
   44.000000  -479.892548  -85.868683  -488.594116  -355.748047
   45.000000  -487.144745  -72.582977  -488.639221  -365.704620
   46.000000  -482.595276  -88.166504  -492.805939  -362.576508
   47.000000  -488.102997  -87.397392  -480.761169  -353.823486
   48.000000  -487.386230  -93.904411  -484.718872  -368.828369
   49.000000  -484.514435  -102.363945  -488.070496  -346.731201
   50.000000  -483.913025  -102.513077  -482.503052  -369.271790
回复 Reply

举报 Report

sobereva

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长
9#
发表于 Post on 2024-12-5 02:22:47 | 只看该作者 Only view this author
xxx127 发表于 2024-12-3 17:18
感谢！
但这篇博文里说种子数目不允许用户设定，那也就是说这种差别不可避免吗？
主要是我的两次模拟中 ...

我的博文根本没说GROMACS里随机数种子不允许自己设，ld-seed就是设这个的，默认为-1，代表赝随机数
北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）致力于计算化学的发展和传播，长期开办极高质量的各种计算化学类培训：初级量子化学培训班、中级量子化学培训班、高级量子化学培训班、量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班、分子动力学与GROMACS培训班、CP2K第一性原理计算培训班，内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路！培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》。
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息，并避免错过网上有价值的计算化学文章！
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群（群号见此链接），合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔，提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog：http://sobereva.com（发布大量原创计算化学相关博文）
Multiwfn主页：http://sobereva.com/multiwfn（十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序）
Google Scholar：https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate：https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
回复 Reply

举报 Report

返回列表 Return 发新帖

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 02:54 , Processed in 0.285709 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list