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[综合交流] 关于元动力学模拟的轨迹理解问题

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各位老师,元动力学模拟得到的轨迹是不是真实的轨迹呢?我还在学习元动力学模拟,我理解的元动力学模拟是通过偏置势使分子能够【沿着势能面】往鞍点的方向移动,最后越过鞍点到达产物态。这就引出我的一个疑问,拿该图举例,这样跑出来的轨迹是包括黄圈和红圈的还是只有红圈的呢?以及,我能否用元动力学模拟得到的轨迹,去计算径向分布函数函数和PMF呢?

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发表于 Post on 2024-12-4 17:24:35 | 只看该作者 Only view this author
当前问题没体现出和CP2K的直接关系,不要选择CP2K分类。这次给你改了,以后注意
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2024-12-12 09:52:40 | 只看该作者 Only view this author
应该是两个圈都能采到样,他只是降低了跨越能垒的难度,采样更广泛了。PMF是可以用这个轨迹去做的,甚至你可以用它的轨迹再去做伞形采样,可以参考南开付浩浩他们的文章,Nature protocols, 17(4), 1114–1141.

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