使用VMD计算RMSD出错couldn't open "trajrmsd.dat": permission denied

yolo-bike

1、导入dcd文件和psf文件之后，按照下面步骤Extensions-Analysis-RMSD Trajectory Tool，ALIGN-RMSD之后出现这样的提示：couldn't open "trajrmsd.dat": permission denied（如图）
couldn't open "trajrmsd.dat": permission denied
couldn't open "trajrmsd.dat": permission denied
    while executing
"open $file w"
    (procedure "saveData" line 112)
    invoked from within
"saveData $save_file "
    (procedure "::rmsdtt::doRmsd" line 219)
    invoked from within
"::rmsdtt::doRmsd"


2、在TKConsole中输入pwd,显示：
C:/Program Files/VMD
3、打开这个目录，没有trajrmsd.dat的文件
注：使用的软件是NAMD，且psf和dcd文件都保存在D盘下面。

sobereva

别把VMD装到默认路径下，并且确保用的1.9.3

yolo-bike

sobereva 发表于 2024-12-4 17:49
别把VMD装到默认路径下，并且确保用的1.9.3

谢谢社长！把VMD版本改回1.9.3，保存路径放到了D盘，成功了。