Gaussian 对称性报错 Consistency failure #1 in PutSyO

王二葛

最近遇到了一个分子，Gaussian 报错 "Consistency failure #1 in PutSyO."，搜过了没有相关信息

初步认定是对称性的导致的，但加入 nosymm 依旧报错，测试过 G09, G16A03, G16C01 均是一样的报错

唯独 iop(2/15=3) 彻底取消调用对称性才解决，但我更想知道为什么报错、这个分子特殊在哪里

去看了某版本的源码，找到这行报错在 "PutSyO" 子程序，它的作用是把分子转到指定朝向，应该是达到了最大尝试次数 4 抛出报错

还用 Multiwfn 看了下转动惯量，有两个本征值很接近，可能是这个原因吗？

把最小输入文件贴出来，求解答

1. #p uhf
   
2. 
   
3. erga
   
4. 
   
5. 0 2
   
6. H 0.00592828 0.01252564 1.18852829
   
7. C -0.04091048 -0.00681990 -0.19894948
   
8. H 1.00251302 0.08600736 -0.49642352
   
9. H -0.49189127 -0.97041252 -0.43120214
   
10. H -0.65975232 0.85303188 -0.45100006
    
11. H 0.03685203 0.02527568 2.10510648
    
12. 
    

复制代码

洛兰希尔

好奇去试了一下，发现用内坐标就能正常跑（G16 B.01）
看了一眼输出文件，l202的部分如下：

1. (Enter D:\G16W\l202.exe)
   
2.                           Input orientation:                          
   
3. ---------------------------------------------------------------------
   
4. Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
   
5. Number     Number       Type             X           Y           Z
   
6. ---------------------------------------------------------------------
   
7.       1          1           0        0.000000    0.000000    0.000000
   
8.       2          6           0        0.000000    0.000000    1.388403
   
9.       3          1           0        1.057276    0.000000    1.649185
   
10.       4          1           0       -0.528640    0.915637    1.649141
    
11.       5          1           0       -0.528645   -0.915624    1.649182
    
12.       6          1           0       -0.000021    0.000028   -0.917188
    
13. ---------------------------------------------------------------------
    
14.                     Distance matrix (angstroms):
    
15.                     1          2          3          4          5
    
16.      1  H    0.000000
    
17.      2  C    1.388403   0.000000
    
18.      3  H    1.958990   1.088963   0.000000
    
19.      4  H    1.958958   1.088961   1.831262   0.000000
    
20.      5  H    1.958988   1.088963   1.831261   1.831262   0.000000
    
21.      6  H    0.917188   2.305591   2.775635   2.775577   2.775629
    
22.                     6
    
23.      6  H    0.000000
    
24. This structure is nearly, but not quite of a higher symmetry.
    
25. Consider Symm=Loose if the higher symmetry is desired.
    
26. Stoichiometry    CH5(2)
    
27. Framework group  C1[X(CH5)]
    
28. Deg. of freedom    12
    
29. Full point group                 C1      NOp   1
    
30. Largest Abelian subgroup         C1      NOp   1
    
31. Largest concise Abelian subgroup C1      NOp   1
    
32.                          Standard orientation:                        
    
33. ---------------------------------------------------------------------
    
34. Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
    
35. Number     Number       Type             X           Y           Z
    
36. ---------------------------------------------------------------------
    
37.       1          1           0        1.123703    0.000301   -0.000008
    
38.       2          6           0       -0.264700   -0.000070   -0.000004
    
39.       3          1           0       -0.525291   -0.721316   -0.773138
    
40.       4          1           0       -0.525353   -0.309111    1.011129
    
41.       5          1           0       -0.525754    1.030006   -0.237985
    
42.       6          1           0        2.040892    0.000539    0.000024
    
43. ---------------------------------------------------------------------
    
44. Rotational constants (GHZ):         149.5310353          58.1551195          58.1551000
    
45. Leave Link  202 at Wed Dec 04 19:15:42 2024, MaxMem=  3221225472 cpu:               0.0 elap:               0.2

复制代码

或许是笛卡尔坐标下判断点群出问题了？

sobereva

gview里对称化成C3v后可以正常计算

王二葛

谢谢洛兰希尔和 Sob 回复

试过了在 GV 里 symmetrize，这的确可以解决。前几天有个结构的非谐计算有奇怪的报错（C1 -> C2v 什么的），也是这样做的

补充些背景：这个结构是调用 Gaussian 做 string method 中遇到的，我现在必须要算出这个笛卡尔坐标的能量   :-(

如果有除了 IOp(2/15=3) 的方法，烦请补充，或许哪位正版用户反馈给 Gaussian 官方试试

---

但我思考了下，我可以转动初猜，就不会优化到这个 corner case 了，目前暂时解决，挺担心以后再遇到的

Daniel_Arndt

有时候涉及到转一些小分子的时候，会出现一些奇怪的情况。我之前尝试叠合两个苯环的时候，遇到过一些不大好处理的情况。我的初始想法就是算个RMSD，然后搞出optimal rotation matrix，然后就旋转，结果实际操作中发现这么做的话会有些奇怪的情况，最后的解决方案比较丑陋，就是先旋转了两次，然后再算RMSD及optimal rotation matrix，最后进行第三次旋转。但我不大清楚我遇到的情况跟楼主遇到的情况是不是一样的原因，我对这些偏计算机图形学方向的数值算法不是很了解。

我尝试过搜索文献，这里面可能相关的就是 https://doi.org/10.1002/jcc.25802 （如果IP地址不能浏览Journal of Computational Chemistry的话，可以从 https://www.math.unm.edu/~vageli/papers/RMSDpaper.pdf 看到这篇文章）一文中“Degenerate superposition”一节。还可能相关的就是 https://doi.org/10.1186/s13321-020-00455-2 中的Figure 2。