添加水分子的时候，水的位置不对怎么回事呢？

pkuchemistry

定义盒子利用这个命令：
gmx_mpi editconf -f 8fd9.gro -o 8fd9_box.gro -c -d 1.0 -bt cubic
得到的cell也是正常的；然后用以下命令：
gmx solvate -cp 8fd9.gro -cs spc216.gro -o 8fd9_solv.gro -p topol.top
得到的8fd9_solv.gro是水在蛋白旁边，而且性状也不对，怎么回事呢？

春天花会开

solvate 输入文件搞错了

pkuchemistry

春天花会开 发表于 2024-12-5 11:18
solvate 输入文件搞错了

谢谢，看到了。