用PYMOL分析对接结果时和AUTODOCK的分析不一样，我该选哪个

shouzang · 发表于 Post on 2024-12-5 16:42:21

我用AUTODOCK4.2.6做完分子对接后，再用PYMOL分析对接结果时，发现用PYMOL分析时H键比AUTODOCK的结果要多两个H键，我该选哪个结果比较好

student0618 · 发表于 Post on 2024-12-5 17:48:41

氢键都是按距离和角度算的，不同软件预设的参数都不同。

不明白这里的比较好是什么意思？都是用作参考、什至氢键的定义都可调整的。

shouzang · 发表于 Post on 2024-12-6 14:52:09

student0618 发表于 2024-12-5 17:48
氢键都是按距离和角度算的，不同软件预设的参数都不同。

不明白这里的比较好是什么意思？都是用作参考、 ...

谢谢你的解释，请问一下如何来调整PYMOL中H键的参数，就是我现在用PYMOL分析，发现一个O原子能连接4个H键，一个原子不是只能连一个H键吗

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-12-6 16:47:41

设置里调氢键的阈值。

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[分子对接] 用PYMOL分析对接结果时和AUTODOCK的分析不一样，我该选哪个