求助vmd分析特定区域的氢键数目的脚本

zhangfaxue

想要分析沿着z轴26-54埃范围内的氢键数目，1到2000帧，给体WATE受体1SDS，尝试根据sob老师的脚本修改了一下，
set z 26; set zend 54
proc hb {1 2000 WATE 1SDS} {
set cum 0
for {set i $1} {$i<=$2000} {incr i 1} {
set dd [atomselect top "index $WATE" frame $i]
set aa [atomselect top "index $1SDS" frame $i]
set temp [measure hbonds 3.5 35 $dd $aa]
if {$temp!="{} {} {}"} {puts $i;incr cum}
}
puts $cum
}
请问：
1、这样修改脚本对吗，能否实现我的目的？
2、运行脚本时直接extensions-TK console-edit-load file-hb.tcl-open就可以了吗？我这样运行没有反应

Uus/pMeC6H4-/キ

原始的hb.tcl以及你的修改只是定义了一个需要四个参数的hb命令，在命令行里只加载脚本不输入命令及其参数是不会生效的。原始脚本中的定义proc hb {fps1 fps2 donor accept}是指使用命令的时候把参数加在后面，比如在命令行输入hb 1 2000 1 2表示给变量fps1赋值1，fps2赋值2000，donor赋值1，accept赋值2来执行hb命令，而完全不应该直接改脚本替换变量名为参数来用。

z轴范围和给体受体应该体现在两个原子选择语句里面，仔细看社长博文http://sobereva.com/504了解正确的语法。现在这样开头定义了z和zend但是下面没用上，而且index需要的是表示原子序数的整数而不是表示给体受体名称/片段/残基号等等的变量，所以根本不能运行。

再提醒一句，VMD的氢键分析不支持周期性边界条件，所得结果偏低，此时为了更准确的测量应该采用其他分析手段。

zhangfaxue

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-6 15:44
原始的hb.tcl以及你的修改只是定义了一个需要四个参数的hb命令，在命令行里只加载脚本不输入命令及其参数是 ...

采用了pbc wrap -center com -centersel "resname WATE" -all 处理周期性边界体条件发现统计的氢键数目相比gromacs统计的数目还是偏低

Uus/pMeC6H4-/キ

zhangfaxue 发表于 2024-12-8 09:51
采用了pbc wrap -center com -centersel "resname WATE" -all 处理周期性边界体条件发现统计的氢键数目相 ...

我提醒了嘛，无论用了PBC的轨迹经过什么wrap处理，至少目前常用版本的VMD没法用HBonds风格显示或者用measure honds统计那些跨越盒子的氢键，而GROMACS或者MDAnalysis就没这问题。

zhangfaxue

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-8 10:02
我提醒了嘛，无论用了PBC的轨迹经过什么wrap处理，至少目前常用版本的VMD没法用HBonds风格显示或者用meas ...

原来如此