仿真完的蛋白质gro文件导入PYMOL无法呈现β-sheet结构

Staceyanny · 发表于 Post on 2024-12-7 14:09:36

首先说明一下，用的PYMOL为开源版，仿真流程参考gromacs水中的溶菌酶
用gromacs跑完md仿真后，再用do-dssp指令分析了蛋白质的二级结构，得到xpm文件和eps文件，导入PS如图1，图中红色部分为β-sheet结构
而将md.gro格式文件导入Pymol却不显示β-sheet结构，如图2（图中隐藏了水分子），有大神能解释一下是怎么回事以及有什么解决办法吗？
后面附上一些文件

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-12-7 14:59:44

在PyMOL对应的项目右侧 A→assign sec. struc. ，让PyMOL自己识别二级结构。或者把.gro转成.pdb再可视化
另外，PyMOL指认二级结构的规则和严格的DSSP规则是不一样的

Staceyanny · 发表于 Post on 2024-12-7 22:05:09

Seyilaxa 发表于 2024-12-7 14:59
在PyMOL对应的项目右侧 A→assign sec. struc. ，让PyMOL自己识别二级结构。或者把.gro转成.pdb再可视化
...

谢谢您，我已经按照您说的分别用pymol打开了gro文件和转之后的pdb文件，点击了assign sec. struc.,但蛋白质结构仍然是毫无改变，还有什么其他的办法吗？或者是我需要手动修改gro文件或pdb文件吗？

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-12-9 08:21:38

Staceyanny 发表于 2024-12-7 22:05
谢谢您，我已经按照您说的分别用pymol打开了gro文件和转之后的pdb文件，点击了assign sec. struc.,但蛋白 ...

那就是螺旋扭曲导致pymol没有识别，可以手动指认二级结构
https://pymolwiki.org/index.php/Dss

Staceyanny · 发表于 Post on 2024-12-9 16:30:58

Seyilaxa 发表于 2024-12-9 08:21
那就是螺旋扭曲导致pymol没有识别，可以手动指认二级结构
https://pymolwiki.org/index.php/Dss

感谢您的指导！尝试过了可以做到，非常感谢！
想请教您另一个问题，就是VMD只能显示仿真后gro文件中蛋白质的helix结构和随机螺旋，xtc轨迹文件也是一样，有什么办法也能让其显示正确的二级结构呢？主要是想改变xtc文件中的结构，因为之后的工作需要根据xtc文件得到轨迹动图

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-12-9 19:34:22

Staceyanny 发表于 2024-12-9 16:30
感谢您的指导！尝试过了可以做到，非常感谢！
想请教您另一个问题，就是VMD只能显示仿真后gro文件中蛋白 ...

轨迹只记录原子的坐标，指认二级结构是可视化软件的工作
另外不同规则下的二级结构指认略有区别，不在统一的规则下谈不了正不正确
例如VMD、PyMOL和DSSP对不同二级结构的分类和定义都不太一样，所以会出现DSSP指认出β sheet而其他软件里不显示

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