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[GROMACS] 请教如何用gromacs的acc-grps进行非平衡分子模拟

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本帖最后由 418086011 于 2024-12-8 12:11 编辑

如图所示,希望通过acc-grps对膜两侧施加不同大小的压力。但是acc-grps给出的是加速度大小,请问如何通过加速度的值计算压力大小?
我的理解是:P=F/S=ma/LxLy. 假设力施加的对象是一块由n个碳原子组成的碳板,a是给出的加速度大小 ,Lx和Ly分别是x,y方向碳板的长度,那么
(1)m是碳的相对分子质量12吗?
(2)m是所有碳原子的加和吗?也就是12n?

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发表于 Post on 2024-12-8 16:50:16 | 只看该作者 Only view this author
我怀疑这有什么意义。如果中间没有固定,两边受力不同会导致整体发生平移(不消平动的前提下)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-8 22:04:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-8 16:50
我怀疑这有什么意义。如果中间没有固定,两边受力不同会导致整体发生平移(不消平动的前提下)

中间层是一种膜材料,对其进行限制或约束,然后研究左侧的水分子和离子从膜材料中穿过的过程。不知道这种计算压力的方法是否合理?

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发表于 Post on 2024-12-9 04:19:57 | 只看该作者 Only view this author
P=F/S
其中F是单个碳原子的受力(单个碳原子质量乘上加速度,碳原子的质量单位取决于P、S、加速度的单位,量纲弄对了就完了),S是LxLy除以n,即平均每个碳原子在板上的面积
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