求助氨基酸与离子相互作用使用NVT吗？

zxcvbnMia · 发表于 Post on 2024-12-9 09:30:56

本帖最后由 zxcvbnMia 于 2026-7-7 09:43 编辑

老师们好，我在做氨基酸与不同浓度NACL的动力学模拟，按浓度添加离子数量与盒子大小有关，与添加的水分子数量无关，只要使用NPT盒子就会改变，这种情况是否只能采用NVT？

zxcvbnMia · 发表于 Post on 2026-3-25 21:01:41

yxdd98 · 发表于 Post on 2026-3-26 00:41:34

假设你实验上是x g NaCl溶于y mL水，那氯化钠的分子数就是x/58.5*阿伏加德罗常数，水的分子数是y*1/18*阿伏加德罗常数，不太清楚你是打算怎么去设置这个浓度

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[GROMACS] 求助氨基酸与离子相互作用使用NVT吗？