计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 628|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助gromacs计算分子间非键相互作用能的结果不符合预期

[复制链接 Copy URL]

3

帖子

0

威望

113

eV
积分
116

Level 2 能力者

体系(含有10分子物质A、50分子哌嗪PIP的4900分子水溶液和500分子正己烷HEX有机物)nvt结束后使用-rerun(使用GROMACS计算分子间相互作用|Jerkwin)分别计算A-PIP、A-H2O、A-HEX的非键相互作用能,分别约为-140 kJ/mol、-8200 kJ/mol、-900 kJ/mol,参考别人的结果,预期应该是Enonbonded(A-PIP)最小,有知道是什么原因吗(有人说是需要除以相应的分子数量,但能量值-2.xx正常吗)?谢谢

屏幕截图 2024-12-09 220738.png (130.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

参考文献的非键相互作用能

参考文献的非键相互作用能

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120165

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-12-11 01:20:02 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “【gromacs计算非键相互作用能】” 改了,以后务必注意!下次将删帖+扣分处理。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

3

帖子

0

威望

113

eV
积分
116

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-13 12:42:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-11 01:20
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的麻烦老师。我下次注意

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120165

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2024-12-14 02:10:09 | 只看该作者 Only view this author
对两类分子总的相互作用能除以分子对数,得到每一对分子间的平均相互作用能,才有意义
计算设置得当的前提下该多大就是多大。都不说明分子具体特征,单位也不给,体系截图也没有,问具体大小合不合理毫无意义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

3

帖子

0

威望

113

eV
积分
116

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-15 12:30:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-14 02:10
对两类分子总的相互作用能除以分子对数,得到每一对分子间的平均相互作用能,才有意义
计算设置得当的前提 ...

明白了,谢谢老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 18:12 , Processed in 0.202874 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list