用径向分布函数计算质子转移能垒时的轨迹范围如何选择

ljh123

我用CP2K跑了一段20000帧的轨迹，发现发生了羟基氢解离到水分子上的过程，想计算该反应的能垒。这段轨迹前10000帧没有发生反应，之后1000帧里发生了氢离子的转移，最后9000帧稳定在产物态。我分别尝试（1）用全部20000帧（2）从反应发生开始后的总计9000帧，来绘制PMF曲线，发现这两种计算出来的反应能垒有差别。（1）为1.5kcal/mol（2）为1.1kcal/mol。所以在用RDF求能垒时，这个帧的选择范围有要求吗？是要选择从反应刚开始发生到反应刚开始结束吗