使用gmx计算聚合物拉伸的问题

piggyFLYING

尝试通过gmx中的deform参数模拟聚合物的拉伸过程；


在完成NPT后(图1)将参数设置为如下所示以实现Y轴方向拉伸：
pcoupl         = Berendsen   
pcoupltype   = semiisotropic            
tau_p          = 0.5     
ref_p           = 1.0 1.0 1.0      
compressibility = 0  4.5e-5  0         
deform         =0 0.01 0 0 0 0

进行100ps模拟后发现盒子在Y轴确实被拉长，但是盒子里的聚合物链似乎没动(图2)，没有实现图3所示的效果；

我的问题是，对于这样一个Y轴拉伸过程（常温常压），应该如何设置控压参数和deform参数？
谢谢各位老师！！


                            图1


                           图2


                           图3

pal

你这个应该是将聚合物向两端拉，该做SMD

liuxdhs

查看初始box的密度是多少，看看弛豫效果如何。
另外，deform的速率可以适当减小。