gmx pdb2gmx遇到的错误

tianflame · 发表于 Post on 2017-2-15 11:26:30

大家好：

我在用gmx pdb2gmx, VERSION 5.1.4处理pdb文件时遇到以下问题：

Fatal error:
An input file contains a line longer than 4096 characters, while the buffer passed to fgets2 has size 4096. The line starts with: '

但是我的pdb文件中并没有超过4096个字符的行。我下载了另外的pdb文件尝试，也遇到了同样的错误，有人知道如何解决吗？

霜晨月 · 发表于 Post on 2017-2-15 12:25:42

可能跟你的pdb文件是dos格式或unix格式有关，dos文件的回车换行符有些Unix程序是不认的，这样的话整个文件就视为只有一行。

霜晨月 · 发表于 Post on 2017-2-15 12:27:01

你用dos2unix转换pdb文件的格式看看

tianflame · 发表于 Post on 2017-2-15 14:06:50

霜晨月发表于 2017-2-15 12:27
你用dos2unix转换pdb文件的格式看看

你好，感谢你的建议，我用dos2unix转换了文件格式，但还是同样的错误。

霜晨月 · 发表于 Post on 2017-2-15 14:57:45

错误信息能否贴完整些？The line starts with: ' 提示出错的这行到底是什么内容？

tianflame · 发表于 Post on 2017-2-15 20:50:59

霜晨月发表于 2017-2-15 14:57
错误信息能否贴完整些？The line starts with: ' 提示出错的这行到底是什么内容？

后面没有内容了，这是错误提示的全部。我尝试了在别的机器上（VMWare）的Gromacs5.1.4，没有错误提示。出错的这个是HPC集群上刚安装的，是否跟安装过程有关呢？

laide · 发表于 Post on 2020-9-11 17:52:56

老哥你好，我也遇到了同样的问题，请问你是怎么解决的

Winnky · 发表于 Post on 2023-10-30 17:57:35

你出现的问题应该是window下的DOS UTF-16格式应当转换为UNIX下的UTF-8格式，你用Notepad++：Encoding --> UTF-8 并重新保存可能可以解决

uogh · 发表于 Post on 2023-12-25 23:55:09

Winnky 发表于 2023-10-30 17:57
你出现的问题应该是window下的DOS UTF-16格式应当转换为UNIX下的UTF-8格式，你用Notepad++：Encoding --> U ...

感谢感谢，我也一样的问题，一改就成功了！

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